O gênero mycobacterium é constituido por um gru...o gênero mycobacterium é constituido por um grupo bastante heterogêneo, com mais de 188 espécies distintas, incluindo importantes patógenos humanos além de espécies ambientais. a relevância clínica do isolamento de micobactéria não tuberculosa (mnt) em amostras biológicas difere fortemente por espécie. além disso, clinicamente as mnt podem causar doença indistinguível da tuberculose; entretanto, são muito diferentes quanto ao tratamento, uma vez que o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos é espécie especifico. relatos de séries de casos de infecções por mnt têm aumentado de forma alarmante, em diversos países tem superado o número de infecções por m. tuberculosis. no brasil, devido à alta carga de tuberculose, acredita-se que as micobacterioses não estejam sendo detectadas e tratadas. faltam infraestrutura laboratorial, testes acessíveis e acurados que possam assegurar um diagnóstico preciso, com consequente tratamento adequado. atualmente, diferentes métodos podem ser utilizados para melhorar a acurácia da identificação das espécies de mnt, incluindo métodos moleculares e espectrometria de massa. este estudo visa avaliar o poder discriminatório, em nível de espécie, de diferentes técnicas utilizadas para identificação de micobactérias, levando em consideração seus custos-benefícios, além de realizar genotipagem das espécies mais prevalentes, para fortalecer a compreensão epidemiológica das infecções por mnt em santa catarina.