Esta pesquisa aborda indicadores da produção científica e tecnológica da universidade de são paulo (usp) e da universidade estadual de campinas (unicamp), por se tratarem das principais instituições geradoras de ciência e tecnologia do país, e relaciona a autonomia científica como um fator crucial para o desenvolvimento da produção em ciência e tecnologia. a pergunta que norteia a pesquisa parte da seguinte indagação: como se configuram os indicadores científicos e tecnológicos da usp e da unicamp diante dos investimentos realizados? a pesquisa tem como objetivo geral investigar o desempenho científico e tecnológico da usp e da unicamp com base em indicadores de c&t e pesquisa e desenvolvimento (p&d), bem como o discurso dos representantes das pró-reitorias de pesquisa frente à autonomia científica. os objetivos específicos constituem em: a) identificar a produção científica e tecnológica produzidas pelas universidades; b) mensurar os investimentos em pesquisas e desenvolvimento aplicados nas universidades; c) conhecer a percepção dos representantes das pró-reitorias de pesquisa relacionada à autonomia universitária/científica, e; d) caracterizar o perfil acadêmico e capital científico dos representantes que compõem as pró-reitorias investigadas. a pesquisa caracteriza-se como exploratória e descritiva, apresenta uma abordagem mista e emprega procedimentos de pesquisa bibliográfica, documental e levantamento. a cobertura temporal da produção científico-tecnológica e investimentos abrangeu os anos de 2009 a 2013, já que a pesquisa estava em andamento em 2014, e no ano de 2015, os anuários não estavam disponíveis. os resultados demonstram particularidades entre as universidades: constatou-se que a usp recebe mais investimentos, dispõe de mais docentes, grupos de pesquisa, titula mais mestres e doutores, e, como reflexo disso, detém uma produção científica maior que a unicamp, tendo mais artigos indexados no isi. já a unicamp tem uma produtividade científica por pesquisador mais elevada que a usp, de modo que, em termos de produção tecnológica, se destaca. percebe-se que a usp é eminente nas áreas de ciências da saúde, humanas e engenharias, enquanto que a unicamp nas áreas de ciências humanas e artes e saúde. na visão dos representantes das pró-reitorias, a autonomia científica é importante para o desenvolvimento científico e tecnológico, pois representa liberdade de pesquisa, na qual o cientista decide o que pesquisa, como pesquisar, quais as temáticas e problemas enfatizar. contudo, o diferencial desta pesquisa reside na investigação com base nos indicadores fornecidos pelas próprias universidades em seus anuários, aliando-os aos dados obtidos pelas agências de fomento e o inpi. a magnitude dessas universidades advém de sua história em prol da ciência e da tecnologia, uma vez que seus resultados se traduzem em benefícios e avanços em diversas áreas e setores e para a sociedade em geral.