Chlamydia trachomatis (ct) é uma bactéria de vida intracelular obrigatória e principal causadora de infecção sexualmente transmissível bacteriana. na maioria dos casos a infecção tem curso assintomático, consequentemente não é tratada. a progressão da infecção pode causar sérias complicações e sequelas, como a doença inflamatória pélvica (dip), gravidez ectópica e infertilidade, representando uma grave ameaça à saúde da mulher. a infecção por ct é a segunda enfermidade que mais acomete as mulheres de 15 a 49 anos de idade nos países em desenvolvimento e a maior prevalência de ct é observada entre mulheres de 15 a 24 anos. no brasil ainda não se tem um programa de rastreio e nem dados suficientes da prevalência de ct na população geral. o diagnóstico da infecção por ct é dificultado, por vezes, pela inadequação laboratorial e pela falta de sintomas específicos. sua associação com a idade juvenil destaca o papel importante que o rastreio de mulheres sexualmente ativas desempenha na prevenção de comorbidades como a dip e a infertilidade. o acesso a um método custo efetivo e com boa acurácia é necessário para reduzir as taxas de infecção. o advento das tecnologias de amplificação do ácido nucleico tem revolucionado a detecção de ct, pois permite o uso de autocoletas e coletas não invasivas, como swab de autocoleta vaginal. o objetivo do presente estudo foi determinar a prevalência da infecção por ct em estudantes universitárias de 18 a 30 anos em amostras de autocoleta vaginal analisadas por pcr multiplex. o estudo foi composto de duas etapas, um projeto inicial para padronizar a metodologia de detecção de ct por pcr multiplex em amostras de autocoleta vaginal e o rastreio da infecção por ct nas universitárias pela pcr multiplex padronizada. a pcr multiplex para o rastreio com amostras vaginais foi padronizada com sensibilidade de 83%, especificidade 100% e vpp 100%, vpn 92% e acurácia 94% e rp negativa 0,17 (acurácia moderada) em relação à qpcr (padrão-ouro). a prevalência de ct obtida entre as estudantes universitárias foi 3%; a detecção de ct foi mais comum entre a faixa de 20 a 23 anos de idade. mulheres que tiveram com cinco ou mais parcerias sexuais ao longo da vida tiveram 76,5% mais chance de ter infecção por ct comparando-se com uma ou duas parcerias sexuais e foi encontrada correlação entre a fase de graduação avançada e o maior número de parcerias sexuais.