Introdução: o avanço na compreensão do microbioma humano e sua relação direta com os processos de saúde tem proporcionado melhor interpretação dos fatores fisiológicos, culturais e ambientais que influenciam a sua composição. neste sentido, insere-se a epigenética, caracterizada por fatores não genéticos do contexto ambiental, que interagem com o microambiente celular e o próprio domínio genético. estes fatores se relacionam diretamente com a microbiota gastrointestinal infantil e estão relacionados ao estilo de vida materno, via de parto, regime alimentar e exposição a antibióticos. o microbioma com a presença desses fatores tem a tendência a ser exposto a perturbações, ocorrendo disbiose, ou manter sua eubiose. a ocorrência de perturbações ao logo do desenvolvimento da criança reflete em uma interferência no desenvolvimento do sistema imune, sendo relacionado com comorbidades presentes durante a infância até a vida adulta, como a asma, obesidade, síndromes metabólicas e neurodegenerativas. diante disto, é importante o aprofundamento a partir de estudos que evidenciem a relação de fatores externos com a modulação da microbiota gastrointestinal, validando os conhecimentos científicos já publicados, e aprimorando as práticas assistenciais e estratégias de promoção da saúde na atenção materno-infantil. objetivos: identificar a influência da antibioticoterapia, via de nascimento e tipo alimentação na modulação da microbiota gastrointestinal de crianças com até 12 meses de idade e descrever as contribuições da prática clínica de enfermagem na modulação da microbiota gastrointestinal infantil. método: estudo de revisão sistemática baseado nos passos propostos pelo prisma, que resultou em dois manuscritos. o primeiro teve o intuito de identificar as evidências acerca dos fatores que modulam a microbiota gastrointestinal infantil, e no segundo utilizou-se esses resultados, associando-os com a prática clínica de enfermagem. através de uma estratégia de busca foram coletados os estudos nas bases de dados embase, pubmed, lilacs, scopus, web of science, cochrane, proquest, opengrey e google scholar, no dia 11 de outubro de 2020 e atualizado em 01 de fevereiro de 2021. ao total foram 15608 estudos, sendo que três foram selecionados para compor esta revisão. este estudo está registrado no prospective register of systematic reviews sob o número crd42020192003. resultados: as evidências identificaram que a antibioticoterapia, cesárea e a fórmula infantil perturbam a microbiota gastrointestinal, promovendo o aumento de microrganismos patogênicos dos gêneros escherichia, veillonella e enterococcus. contudo, o nascimento por via vaginal e o aleitamento materno proporcionam a modulação da microbiota com o aumento das bactérias comensais dos gêneros bifidobacterium e lactobacillus. os fatores associados à perturbação, sendo a cesariana, antibioticoterapia e fórmula infantil, necessitam de intervenções de enfermagem para que promovam a recuperação desta microbiota através do aleitamento materno, bem como acompanhar possíveis sinais clínicos provenientes desta disbiose para o organismo da criança. conclusão: o parto vaginal e a amamentação exclusiva até os seis meses de vida beneficiam a modulação da microbiota gastrointestinal infantil. além disso, o leite materno recupera parcialmente o microbioma após perturbações, sendo essencial as intervenções de enfermagem que estimulam os fatores epigenéticos que modulam a microbiota.