A educação em saúde na escola é um tema cuja natureza, objetivos, metodologias e práticas são raramente debatidas no campo educacional, especialmente no ensino de ciências. via de regra a educação em saúde na escola é caracterizada por uma abordagem tradicional, normativa e comportamentalista, fortemente associada ao campo da saúde o que não condiz com objetivos escolares atuais e com abordagens contemporâneas da educação em saúde. por este motivo propõe-se a adoção do conceito de educação em saúde sob uma perspectiva pedagógica, fundamentada pela alfabetização científica e tecnológica, que objetiva a construção de conhecimentos para o desenvolvimento da autonomia na tomada de decisão. além de pouca pesquisa produzida, identificou-se que esta nova perspectiva ainda não se reflete na prática escolar e na formação docente em educação em saúde. a formação docente, acadêmico-profissional e continuada, não oportuniza espaços e tempos para que professores e futuros professores reflitam sobre o desenvolvimento da educação em saúde na escola. o presente estudo identificou e analisou limites e potencialidades formativas do conceito de ilhotas interdisciplinares de racionalidade para o desenvolvimento de uma educação em saúde com uma perspectiva pedagógica na escola. a coleta de dados ocorreu em uma intervenção formativa, um curso de extensão universitária denominado projetos interdisciplinares e educação em saúde na escola. ao longo do curso, professores em exercício e licenciandos discutiram aspectos teóricos da educação em saúde e da interdisciplinaridade e construíram uma ilhota interdisciplinar de racionalidade sobre tema relacionado à saúde. a análise dos dados demonstrou que as ilhotas interdisciplinares de racionalidade, utilizadas na formação docente, potencializaram novas compreensões epistemológicas e sobre a interdisciplinaridade, o debate ético, uma vivência interdisciplinar em assuntos relacionados à saúde e reflexões didático-pedagógicas. como resultado dos estudos teóricos e das análises empíricas realizadas, defendo que (1) o uso dos conceitos de ilhotas interdisciplinares de racionalidade e de alfabetização científica e tecnológica na formação de professores permite o desenvolvimento de conhecimentos profissionais docentes nas dimensões axiológica, epistemológica e metodológica e (2) estes dois conceitos utilizados na formação docente podem proporcionar uma alfabetização didático-pedagógica.