A família myrtaceae pertence à ordem myrtales e possui cerca de 130 gêneros e aproximadamente 6000 espécies. essa família de frutíferas é considerada importante em várias formações vegetais, distribuindo-se em todos os continentes, exceto na região antártica. no brasil a distribuição ocorre em todos os estados. acca sellowiana (goiabeira-serrana), campomanesia xanthocarpa (guabiroba), eugenia uniflora (pitanga) e plinia spp. (jabuticabas) são espécies de myrtaceae que têm mostrado boas perspectivas de aumento do uso comercial, tanto que estão no projeto plantas para o futuro da região sul e já são cultivadas em pequena escala, comparativamente a outras frutíferas exóticas. estas espécies destacam-se pelo potencial organoléptico dos frutos, propriedades farmacológicas e valor ornamental, entre outros. além disso, frutos destas espécies já são atualmente produzidos no brasil, o que torna um excelente mercado a ser explorado no país. desta forma, este trabalho tem por objetivo identificar e comparar os genomas plastidiais (cpdna) de cinco espécies frutíferas de myrtaceae: acca sellowiana, campomanesia xanthocarpa, eugenia uniflora, plinia cauliflora, plinia aureana e uma espécie híbrida (plinia sp.) visando avançar na compreensão de processos evolutivos e futuramente desenvolver marcadores microssatélites de cloroplasto (cpssr) específicos visando estudos de diversidade genética dessas espécies em seus habitats. para tanto, o genoma plastidial (cpdna) das espécies foi extraído e purificado e seus plastomas foram sequenciados por meio de sequenciamento de nova geração (ngs), em plataforma illumina miseq. após o sequenciamento foi adotada a estratégia de montagem de novo, ou seja, sem utilização de outra espécie como referência. o plastoma completo de a. sellowiana possui 159.370 pb de comprimento, região longa de cópia única (lsc) de 88.028 pb, região curta de cópia única (ssc) de 18.598 pb e regiões repetidas invertidas (irs) com 26.372 pb; e. uniflora possui um tamanho de plastoma completo de 158.680 pb, lsc de 87.495 pb, ssc de 18.537 pb e irs com 26.324 pb; c. xanthocarpa possui um plastoma de 158.131 pb de comprimento, lsc de 87.596 pb, ssc de 18.595 pb e irs com 25.970 pb; plinia aureana 158.918 pb de comprimento, lsc de 88.204 pb, ssc de 18.462 pb e irs com 26.126 pb; plinia cauliflora 159.095 pb de comprimento, lsc de 88.162 pb, ssc de 18.615 pb e irs com 26.159 pb; plinia sp. 158.912 pb de comprimento, lsc de 88.132 pb, ssc de 18.462 pb e irs com 26.159 pb. dados de sequenciamento de plastomas completos de espécies da mesma família possibilitarão a realização de estudos comparativos para a identificação de polimorfismos espécie-específicos, os quais poderão gerar marcadores moleculares para estudos de evolução, ecologia, filogenia, filogeografia e diversidade genética.