O hipoclorito de sódio (naocl) e´ a substância química mais difundida e utilizada na endodontia em função das suas características de desinfecção e dissolução tecidual. porém, não remove todo o conteúdo microbiano do sistema de canais radiculares (scr) e é responsável pela remoção apenas da parte orgânica da smear layer formada após o preparo químico-mecânico (pqm). o ácido etilenodiamino tetracético dissódico (edta) é o quelante de escolha para remoção da parte inorgânica da lama dentinária. no entanto, outras soluções vêm sendo relatadas na literatura. dessa forma, o objetivo desse trabalho foi avaliar e comparar a eficiência do ácido glicólico (ag) e do naocl/ácido etidrônico (naocl/ae) na desinfecção do scr inoculados com enterococcus faecalis em diferentes protocolos de irrigação final, associado ou não ao uso do naocl 2,5% como substância irrigadora. para tanto, 98 raízes de pre´-molares inferiores foram selecionadas. para padronização, as mesmas foram inicialmente instrumentados com limas x wire niti 25.08 e 40.06. depois, os dentes foram contaminados com enterococcus faecalis através de um protocolo de contaminação de 5 dias. após contaminação, os dentes foram preparados com lima x wire niti 50.06. os dentes foram distribuídos em 7 grupos (n=14) de acordo com a substância utilizada na instrumentação e no protocolo final de irrigação: grupo i - naocl/edta 17%; grupo ii - naocl/ae 17%; grupo iii - naocl/ag 17%; grupo iv - soro/edta 17%; grupo v - soro/ae; grupo vi - soro/ag 17%; grupo vii – grupo controle (instrumentação e irrigação final apenas com soro fisiológico). coletas microbiológicas foram realizadas em três momentos diferentes: inicial (c1); após o pqm (c2); após uso dos protocolos de irrigação final (c3). as coletas foram diluídas e plaqueadas em meio de cultura próprio. depois, foram incubadas em estufa a 37°c por 48 horas para contagem das unidades formadores de colônia (ufcs) e tabuladas para análise estatística. para comparação intragrupo, foi utilizado o teste anova de medidas repetidas e comparação intergrupo teste t de student com nível de significância de 5%. os resultados mostraram que o gc apresentou os menores valores de redução microbiológica na coleta c2 e c3. avaliando a c3, quando comparados os grupos que utilizou naocl 2,5% na instrumentação, o naocl/ae apresentou melhores resultados (p=009). porém, quando utilizado soro fisiológico na instrumentação, não houve diferença estatística entre os grupos soro/ae (p=0,082), soro/edta (p=0,099), mas o grupo soro/ag apresentou valores menores e semelhantes ao gc (p=0,099). conclui-se que todos os protocolos testados apresentaram redução na ufcs/ml, mas a associação de instrumentação com naocl 2,5% e o uso de ae como irrigante final apresentou os melhores valores de redução microbiológica.