Racional: na cirurgia bariátrica de derivação gastrojejunal em y de roux, diversas técnicas podem ser utilizadas para confecção da gastroenteroanastomose. tal passo cirúrgico é o grande responsável pela morbimortalidade da cirurgia (estenoses e fístulas), assim como parece ser relacionado à aceitação da dieta pós-operatória e sintomas gastrointestinais. objetivo: avaliar se há diferença entre as técnicas de gastroenteroanastomose manual e mecânica na incidência de sintomas gastrointestinais e intolerância alimentar, com 30 e 90 dias de pós-operatório. métodos: estudo clínico randomizado, prospectivo, com pacientes que foram submetidos à cirurgia bariátrica, dividindo-os em dois grupos, onde se realizou dois tipos distintos de anastomose gastrojejunal (grupo 1 – anastomose mecânica / grupo 2 – anastomose manual) e avaliou-se a incidência de sintomas gastrointestinais e tolerância alimentar com 30 e 90 dias de pós-operatório. resultados: no total 32 pacientes foram submetidos ao procedimento cirúrgico, onde 17 pacientes foram submetidos à anastomose mecânica e 15 pacientes a anastomose manual. em 90 dias de pós-operatório a presença de vômitos pós-alimentares foi maior no grupo de anastomose mecânica (47,14%) que no grupo de anastomose manual ( 13,3%). (p= 0,04). conclusão: este trabalho demonstrou uma maior intolerância alimentar nos pacientes submetido à anastomose mecânica, evidenciado por uma maior incidência de vômitos pós-operatórios nesse grupo de pacientes.