A microbiota intestinal apresenta múltiplas funções em relação à homeostase do hospedeiro. com o avanço da biologia molecular e o desenvolvimento de várias técnicas moleculares, tornou-se possível estudar a microbiota por uma via “cultura-independente”. por outro lado, elucidar a distribuição topográfica da microbiota no tubo digestivo é um meio para aprofundar o estudo das relações entre a microbiota e o hospedeiro, bem como entre os próprios microrganismos, em seus respectivos nichos ecológicos. este estudo experimental avaliou a distribuição topográfica da microbiota no tubo digestivo de ratos wistar, utilizando técnicas moleculares. o tubo digestivo foi dividido em seis segmentos, nos quais se realizou coleta do conteúdo luminal, extração de dna bacteriano, digestão do dna com enzimas de restrição para verificar polimorfismo de tamanho de fragmento de restrição (rflp), que é a análise do tamanho de fragmento obtido na digestão. a análise do dna íntegro e digerido foi realizada através de eletroforese em gel de agarose. foi observada presença de dna de peso molecular compatível com dna bacteriano em todos os segmentos, de modo reprodutível nos diferentes animais. os segmentos distais, notadamente o intestino grosso e o reto, apresentaram maior concentração de dna bacteriano. os achados sugerem que a técnica cirúrgica e a estratégia molecular obtiveram sucesso na detecção da microbiota sem necessidade de cultura prévia nem de enriquecimento por reação em cadeia da polimerase. este estudo constitui o primeiro passo para validar a espécie wistar como modelo animal para o estudo da microbiota. futuros estudos, utilizando técnicas adicionais de biologia molecular, tais como sequenciamento a partir de cultura, reação em cadeia da polimerase, eletroforese em gel desnaturante, hibridização in situ e sondas de oligonucleotídeos baseadas dna codificador do rna ribossomal 16s (rdna 16s ), permitirão inventariar a microbiota desta espécie do ponto de vista taxonômico, bem como quantificar os táxons por segmento, abrindo o caminho para estudos de intervenção. em perspectiva, considerando as semelhanças biológicas e metabólicas desta espécie com o ser humano, estudos de intervenção com diversas estratégias de modificação da microbiota intestinal, podem ajudar a desvendar os elos entre a microbiota, o sistema imune e a homeostase do hospedeiro.