A determinação do metaboloma parcial de raízes de genótipos de mandioca (manihot esculenta crantz) cultivados por agricultores familiares no estado de santa catarina - brasil e conservados no banco de germoplasma da epagri representa uma iniciativa inovadora e adequada, pois aprofunda o conhecimento sobre as peculiaridades metabólicas daqueles genótipos, contribuindo a uma caracterização mais detalhada do germoplasma. esta abordagem subsidia a avaliação do potencial das biomassas radiculares como fontes de compostos de interesse nutricional à saúde humana. assim, protocolos de análise do metaboloma de mandioca foram estabelecidos, com ênfase em genótipos com polpa pigmentada e potencial uso industrial à produção de fécula. para tal, uma plataforma analítica típica de estudos metabolômicos e.g., lc, ftir, uv-vis e drx, associada a ferramentas de bioinformática, foi utilizada à análise do amido e frações (amilose e amilopectina), à determinação dos perfis carotenoídico e fenólico de amostras de dez acessos de mandioca. os dados gerados revelam a existência de genótipos com constituições amídicas significativamente distintas. as técnicas analíticas empregadas e os ensaios reológicos realizados, associados às analises quimiométricas (pcas e clusters), possibilitaram discriminar os genótipos de acordo com as peculiaridades físico-químicas e funcionais da fração amídica, sugerindo potenciais de uso industrial eventulamente discrepantes. em uma segunda abordagem, considerando os conteúdos de metabólitos secundários, raízes de genótipos com polpa branca (apronta mesa, oriental, salézio, estação e crioulo de videira) apresentaram menores concentrações de carotenoides totais (1,38 ± 0,75 ?g.g-1- 5,02 ± 1,27 ?g.g-1), comparativamente ao genótipo com pigmentação rosada i.e., 169,8 ± 17,9 ?g.g-1. genótipos de raízes amarelas (pioneira, amarela, catarina e iac-576-70) apresentaram conteúdo médio de 18,1 ± 3,31 ?g.g-1 de carotenoides totais. a análise cromatográfica identificou os isômeros de posição cis-?- e trans-?-caroteno (majoritário), além de ?-caroteno, luteína e ?-criptoxantina nos genótipos analisados, detectando a presença de licopeno somente no genótipo rosada. os conteúdos médios de fenólicos totais em raízes frescas variaram de 32,59 ± 6,34 ?g.g-1 (iac 576-70) a 128,32 ± 18,20 ?g.g-1 (rosada). a análise cromatográfica identificou os metabólitos: epigalocatequina (majoritário), ácido gálico, quercetina, ácido clorogênico, ácido p-hidróxibenzóico e epicatequina galato. tomados em conjunto, os resultados obtidos podem ser empregados como ferramentas de apoio aos programas de melhoramento genético de mandioca assistidos bioquimicamente, otimizando o processo de seleção da diversidade genética existente em bancos de germoplasma. adicionalmente, os resultados enfatizam a importância da manutenção on farm destes genótipos pelos agricultores familiares do sul do brasil e em bancos de germoplasma, porque representam uma importante fonte de recursos fitogenéticos com características nutricionais e industriais promissoras.