As mudanças globais irão aumentar a frequência e a expansão das zonas anóxicas em sistemas costeiros, o que irá prejudicar severamente qualquer tipo de vida aquática de interesse comercial (peixes e invertebrados). a região central (ccl) da lagoa da conceição (lc) apresenta estratificação física da coluna d’ água permanente e eventos sazonais de hipoxia e/ou anoxia, principalmente no período pós-verão, onde a matéria orgânica é decomposta. este trabalho foi organizado em 2 capítulos e teve como objetivos: 1- caracterizar a estrutura física da coluna d’ água relacionando com a dinâmica de nutrientes na região. 2- quantificar o estoque das diferentes formas de carbono (orgânico e inorgânico dissolvido) nas diferentes massas de água da ccl. 3- avaliar a distribuição espaço-temporal da fixação de carbono nas diferentes condições de oxirredução da coluna d’ água lagunar. 4- estimar o fluxo do co2 na interface atmosfera-água e relacionar com as condições metabólicas do sistema as amostragens foram realizadas em triplicata nos período de verão, outono e inverno em três pontos amostrais ao longo da ccl. os eventos de hipoxia e/ou anoxia foram observados somente no verão, onde o índice de estratificação da coluna d’ água foi maior e houve ausência de luz nas águas de fundo. o uso aparente do oxigênio (aou) indicou águas supersaturadas de od na superfície, o que esteve associado aos processos de produção e insaturadas deste gás nas águas de haloclina e fundo, onde os processos de mineralização dominam. a intensidade dos ventos e a intrusão de massas de águas foram os principais fatores reguladores da renovação das águas de fundo, fato observado no inverno. os nutrientes apresentaram diferenças temporais, com as maiores concentrações ocorrendo no inverno, evidenciando o processo de remineralização da matéria orgânica (mo) no sistema. um pico de fosfato (0,5 ?m) foi encontrado nas águas de fundo neste período que possivelmente está relacionado a intrusão da pluma do rio da prata (prp) na lc. neste estudo, o sistema foi limitante de fósforo e o amônio foi a forma de nutriente que predominou. os resultados do segundo capítulo mostraram que a ccl agiu como sumidouro de co2. a fixação do carbono (c) no claro (ppl) nas águas de superfície foi mais elevada no verão. a clorofila (chl-a), par e o silicato, foram as variáveis que melhor se relacionaram com a ppl nesta massa de água. nas águas de fundo do inverno e outono, onde a zona fótica atingiu toda coluna d’ água, a ppl foi em média a mais elevada do estudo (235,6 ± 145,0 e 208,8 ± 59,2 mg c m-3 h-1). a fixação do carbono no escuro (ppd) predominou nas águas de fundo no verão representando 21% da fixação total. o carbono orgânico dissolvido (cod) e particulado (cop) das águas de superfície e fundo se correlacionaram positivamente, indicando possível acoplamento e foram os responsáveis pela síntese da mo principalmente no verão, onde foram observadas as maiores concentrações, diminuindo para os demais períodos. neste estudo à elevada carga de mo produzida nas águas de superfície e depositada no fundo no verão, contribuíram para as condições hipóxicas observadas, além da a ausência de luz e do maior índice de estratificação da coluna d’ água. as águas de fundo no outono e inverno apresentaram as maiores concentrações de carbono inorgânico dissolvido (cid) e da pressão parcial do co2 (pco2), evidenciando processos de mineralização. as baixas concentrações de cod no outono e inverno podem estar relacionadas com a produção secundária. o cop que permaneceu no sistema é um indicativo de mo refratária.