O incremento da mitilicultura catarinense gerou a necessidade da identificação dos patógenos que acometem o cultivo de perna perna nos municípios de palhoça, florianópolis, governador celso ramos e penha. durante o período de julho de 2010 a junho de 2011 foram coletados 720 animais em cada local de cultivo, totalizando 2.880 mexilhões. do total coletado, a metade (1.440) foi observada ao estereomicroscópio onde foram realizadas as coletas do turbelário urastoma cyprinae e dos copépodes pseudomyicola spinosus e monstrilla sp., que após serem tratados através dos protocolos de microscopia eletrônica de varredura e clarificação com polyvinil-lactophenol foram medidos e fotografados ao microscópio de contraste diferencial de fase (dic) e tratados para histologia de cortes seriados, que auxiliaram nas identificações das espécies e gênero. os outros mexilhões (1.440) tiveram seus tecidos processados conforme os protocolos de histologia clássica e da oie: monocamadas de hemócitos, imprint e cultivo em meio de tioglicolato de ray. através das análises dos cortes histológicos foi identificada a presença dos protozoários ancistrocoma sp. e nematopsis sp. e dos metazoários tylocephalum sp., urastoma cyprinae, pseudomyicola spinosus, monstrilla sp. e bucephalus margaritae, já através dos protocolos da oie, foi verificado que as doenças de notificação obrigatória não estão presentes nos cultivos de mexilhão de santa catarina. dos patógenos registrados por esta pesquisa, o cestoda tylocephalum sp. é responsável pela ocorrência de infiltração hemocitária e o trematoda bucephalus margaritae, pelo alto índice de mexilhões de sexo indeterminado e castração parasitária