O desempenho zootécnico de espécies nativas de peixes em sistema de aquaponia foi avaliado com objetivo de determinar a quantidade removida de nitrogênio (n) e fósforo (p) do sistema e de encontrar a relação ideal entre a taxa de alimentação dos peixes e área de crescimento para as plantas. no primeiro estudo leporinus obtusidens foram estocados com o peso de 83,0 ± 3,8g (média ± dp) e foram alimentados com 1,0% da biomassa por tanque. lactuca sativa e canna indica foram as plantas utilizadas nas camas com substrato. aproximadamente 10,0% de n e 11,0% de p da entrada de alimentação foram incorporados por l. obtusidens. o sequestro de nutrientes de l. sativa foi 3,7% para n e 4,3% para p e para c. indica foi 5,6% para n e 8,0% para p, com diferença significativa (p<0,05) apenas para o sequestro de p, entre os tratamentos. no segundo estudo, diferentes biomassas de juvenis rhamdia quelen foram estocados nos tanques, enquanto solanum lycopersicum, var. cerasiforme foram alocados nas camas com substrato. os tratamentos t7, t12 e t18, foram utilizados, de acordo com a quantidade diferente de ração oferecida para os peixes (7, 12 e 18g) e ao final do estudo a produtividade de tomate-cereja foi avaliada, tendo sido registrada diferença significativa (p<0,05) apenas entre t7 e t12 na massa úmida final de frutos, e neste caso, t12 apresentou a melhor relação entre peixes plantas