Vibrio parahaemolyticus é um patógeno veiculado por alimento e sua infecção humana é regularmente associada com o consumo de frutos do mar crus ou mal cozidos e água contaminada. esta pesquisa teve como objetivo identificar e quantificar vibrio parahaemolyticus em ostras frescas (crassostrea gigas), mexilhões (perna perna) e água do mar provenientes de diferentes regiões de cultivo de moluscos bivalves no litoral de santa catarina, brasil e otimização de um ensaio rápido de qpcr utilizando tecnologia de sondas taqman mgb, visando o gene da hemolisina termolábil (tl) de v. parahaemolyticus para a detecção e quantificação desta bactéria a partir de frutos do mar e amostras ambientais. as amostras foram coletadas entre outubro de 2012 e dezembro de 2013. foram coletadas 130 amostras de ostras (crassostrea gigas), 215 amostras de mexilhões (perna perna) e 222 amostras de água do mar. a ocorrência de v. parahaemolyticus em ostras e mexilhões foi baixa, 10,76% e 11,62% das amostras analisadas. maior incidência de v. parahaemolyticus foram observados na água do mar, 18,%. a densidade de v. parahaemolyticus no verão (dezembro a março) foi significativamente maior do que nas outras 3 estações do ano (p <0,01). o ensaio qpcr e os iniciadores utilizados são altamente específicos, quando testado contra outras bactérias. o ensaio também é altamente sensível, e, é capaz de detectar v. parahaemolyticus com altos valores de coeficiente em concentrações tão baixas como 10 2 cópias / reacção de soluções puras de adn genômico e 30 células / ml em suspensão de células diluída em série e adicionadas em amostras de tecido de ostras e mexilhões. recomendamos que medidas de controle devem ser consideradas, incluindo o estabelecimento de uma vigilância intensiva e contínua de v. parahaemolyticus potencialmente patogênicos em todas as áreas de cultivo de moluscos bivalves, avaliação dos parâmetros ambientais, bem como a avaliação do risco para a saúde humana associado a ao consumo desses moluscos que é específica de cada região.