Na lista das doenças de declaração obrigatória da organização internacional de epizootias, da organização mundial de saúde animal, duas enfermidades são causadas pelo protozoário do gênero perkinsus: perkinsus olseni e perkinsus marinus, que causam grande mortalidade em ostras. os primeiros registros de perkinsus na costa brasileira foram em ostras nativas no litoral da bahia, ceará e paraíba, estados do nordeste do brasil. o presente trabalho teve como objetivo investigar a ocorrência de perkinsus em ostras crassostrea gigas e crassostrea gasar do litoral de santa catarina. foram escolhidos ao longo do litoral catarinense seis pontos de coleta e realizadas sete amostras de 30 animais para cada espécie, no período de janeiro 2013 a dezembro de 2014. a metodologia de diagnóstico incluiu exames macro e microscópicos, com tecidos fixados em solução de davidson, inclusão em parafina, cortes de 5 ?m e coloração hhe. foi realizada cultura de amostras de brânquias e reto em meio fluido tioglicolato (rftm) e confirmação de resultados por amplificação de 16s rna. os resultados de rftm mostraram perkinsus spp. infectando crassostrea gasar em balneário barra do sul, com prevalência variando de 26,7 a 70,0% e 96,6% em são francisco do sul. também houve diagnóstico positivo em crassostrea gigas, com prevalência de 43,3%, em ostras coletadas em são francisco do sul. os resultados moleculares confirmaram perkinsus marinus infectando crassostrea gigas e crassostrea gasar dessa última localidade e perkinsus beihaiensis em crassostrea gasar de balneário barra do sul. este resultado é o primeiro relato do protozoário perkinsus marinus infectando crassostrea gigas na américa do sul