Organismos aquáticos estão em constante contato, em seu ambiente natural, com uma grande quantidade de microrganismos. em camarões, o sistema gastrointestinal funciona como uma importante barreira para a entrada de agentes infecciosos e na seleção da microbiota intestinal. no entanto, muito do que conhecemos sobre o sistema imune de camarões está restrito às reações de defesa que ocorrem hemolinfa e pouco ainda se conhece a respeito da sua imunidade intestinal. assim, o objetivo deste trabalho foi caracterizar o perfil transcricional de genes associados ao sistema imune de crustáceos nas diferentes regiões do trato gastrointestinal do camarão litopenaeus vannamei. primeiramente, foi realizada uma análise semi-quatitativa da expressão de genes de diferentes categorias funcionais em quatro regiões do trato gastrointestinal (estômago, intestino médio, intestino posterior e hepatopâncreas) de animais estimulados ou não com a bactéria vibrio harveyi atcc 14126 (inativada por calor). dos 54 genes avaliados, 37 deles mostraram-se expressos no estômago, 16 no hepatopâncreas, 35 no intestino médio e 35 no intestino posterior. as categorias funcionais mais representadas foram os peptídeos antimicrobianos ou amps (estômago e intestinos), vias de sinalização celular (estômago e intestinos), proteínas de reconhecimento de padrões moleculares (hepatopâncreas) e sistema de rna de interferência ou rnai (intestino médio). os níveis de expressão de 19 genes candidatos foram posteriormente quantificados por pcr quantitativa em tempo rela (rt-qpcr) no intestino médio de animais experimentalmente infectados com v. harveyi atcc 14126 ou com o vírus da síndrome da macha branca (wssv). de maneira interessante, enquanto os genes litvan alf-a (amps), litvan alf-c (amps) e lvdcr 2 (rnai) foram induzidos em resposta à infecção bacteriana, a expressão do gene litvan alf-a (amps) foi reprimida frente à infecção pelo wssv. a ocorrência da expressão de genes associados ao sistema imune no trato gastrointestinal evidencia a importância desses órgãos nos mecanismos de defesa de camarões, podendo estar envolvidos na manutenção da microbiota intestinal e/ou no controle de agentes infecciosos.