O estado de santa catarina é o maior produtor nacional de ostras e mexilhões cultivados, atividade econômica importante e que confere destaque ao estado. os moluscos bivalves, através da filtração da água, tendem a acumular em seus tecidos, vírus e bactérias que estejam presentes na água de cultivo. dentre as bactérias, a incidência de escherichia coli em moluscos bivalves foi reportada em diversos estudos e cepas patogênicas foram relacionadas a casos de gastroenterites. o controle microbiológico adotado em diferentes países é a contagem de e. coli na água e/ou nos moluscos bivalves. métodos convencionais para contagem de e. coli em alimentos são demorados e trabalhosos, tornando-se, desta forma, necessário o desenvolvimento de metodologias mais rápidas, que forneçam resultados sensíveis e robustos. no presente trabalho, uma metodologia para quantificação de e. coli em ostras utilizando qpcr foi desenvolvida. sondas e iniciadores foram desenhados e amplificaram seletivamente dna de e. coli. os iniciadores e sondas demonstraram-se sensíveis e seletivos para a detecção de e. coli mesmo na presença de dna proveniente da amostra. a eficiência, seletividade e o coeficiente de correlação das curvas padrão estão de acordo com as recomendações da literatura. o método desenvolvido foi comparado com um método dependente de cultivo na quantificação de e. coli em ostras naturalmente e artificialmente contaminadas e uma boa correlação foi encontrada entre os dois métodos. além de estudos sobre a incidência de e. coli nos moluscos, informações acerca das características fenotípicas e genotípicas das cepas são consideradas de grande relevância. cepas de e. coli isoladas de amostras de moluscos bivalves coletados em santa catarina, brasil e na baía de cheesapeake, nos estados unidos, foram caracterizadas. determinou-se o perfil de resistência a antimicrobianos, sorologia e tipagem molecular. os resultados mostraram que dentre as 141 cepas estudadas, 19,9 % foram classificadas como multirresistentes e os antimicrobianos cefalotina (78 %), nitrofurantoina (21,3 %) e ampicillina (19,2 %) foram aqueles com maior porcentagem de resistência. os sorogrupos predominantes foram: o8 (17 %), o6 (7 %), o21 (4 %) e seis sorogrupos (o6, o9, o25, o54, o88 e o113) foram encontrados em cepas provenientes de ambos os países. os resultados da eletroforese em campo pulsado revelaram uma grande variação genética entre as cepas, entretanto, considerando 80 % de similaridade, seis clusters continham cepas do brasil e dos estados unidas juntos, mostrando uma relação genética entre as cepas.