Estudo com objetivo de analisar e comparar os contextos e desafios no trabalho dos profissionais da saúde que atuam em dois hospitais universitários federais (hu), com abordagem qualitativo-descritiva e transversal. a amostragem foi intencional, tendo sido realizada, respectivamente, no serviço de emergência adulto e unidade de internação de clínica médica do hospital universitário da universidade federal de santa catarina (hu/ufsc) e unidade de urgência e emergência e unidades de internação cirúrgica do hospital universitário de brasília, vinculado à universidade de brasília (hub/unb). a coleta de dados ocorreu entre janeiro de 2014 e novembro de 2016, com as seguintes etapas: análise de documentos disponibilizados pelas instituições e pelos serviços, com informações acerca da estrutura, organização e pessoal; observação flutuante do serviço, totalizando cento e trinta e cinco horas; sessenta e sete entrevistas com gestores e demais categorias profissionais que realizam atividades nos serviços; e, seis acompanhamentos de turnos de trabalho dos profissionais (médico, enfermeiro e técnico em enfermagem), em um total de trinta e seis horas. para análise, os dados foram alicerçados segundo a técnica de análise de conteúdo temática e organizados com auxílio do software atlas.ti, norteados pelo referencial teórico do processo de trabalho em saúde, na abordagem ergológica e em produções que orientam a construção do sistema único de saúde no brasil. todos os preceitos éticos foram respeitados. os resultados da investigação apontam que existem mais semelhanças do que diferenças no desenvolvimento das gestões e das práticas nestas instituições. os hu vivem momentos diferentes de gestão administrativa, mas ambos buscam novas formas de aperfeiçoá-la e padronizá-la, visando reduzir os gastos, aumentar a produtividade, ampliar o número de servidores e benfeitorias estruturais, com ganhos para os usuários, o ensino e a pesquisa. evidenciou-se que as limitações e/ou insatisfações do trabalho interferem negativamente em sua organização e que se agravam quando o número de trabalhadores é insuficiente para atendimento aos usuários do serviço ou quando o espaço físico é inadequado. observaram-se ganhos nas relações multiprofissionais, nas práticas de ensino e no atendimento ao usuário dos serviços, que se dá de forma mais horizontalizada, em um olhar mais aproximado dos princípios preconizados pelo sistema único de saúde. na realidade do hu/ufsc, o déficit no número de profissionais, principalmente da enfermagem, independente do serviço investigado, interfere na assistência prestada e na saúde do trabalhador. ao comparar o trabalho prescrito e o real, percebeu-se a existência de debates diários entre as normas, estabelecendo movimentos de renormalizações que vão além de reproduzir o existente, refletindo e interferindo na realização das atividades de trabalho. a organização do trabalho dos hospitais universitários federais enfrenta desafios na superação da fragmentação e na construção da integralidade assistencial, para as quais é fundamental a compreensão da relação entre o trabalho prescrito e o trabalho real. o momento atual dos hu pesquisados parece representar uma oportunidade no que concerne à discussão da organização do trabalho multidisciplinar, visando sua construção e consolidação, uma vez que as instituições estão em fase de mudança de gestão e reestruturação do modelo assistencial.