Introdução: o tratamento da lesão precursora diminui a incidência de câncer do colo uterino, mas, em contrapartida, aumenta riscos obstétricos, ansiedade e custos. o arsenal diagnóstico existente não oportuniza o prognóstico da neoplasia intraepitelial cervical (nic). objetivo: avaliar o papel da aneuploidia como biomarcador de lesão de pior evolução em conjunto com o perfil epidemiológico e comparar a sensibilidade e a especificidade dos achados de citometria do dna com os de outros métodos diagnósticos e os destes entre si. método: estudo observacional prospectivo de coorte contendo 254 mulheres com colpocitologia alterada. coleta citológica em solução thinprep® preservcyt® dessas pacientes foram realizadas para execução de citometria de dna e pesquisa de hpv, além de colposcopia com biópsia quando indicada. após a aplicação da conduta adequada, observacional ou cirúrgica, as participantes foram avaliadas a cada seis meses e a coorte dividida em dois grupos, conforme o comportamento da doença. no grupo “casos” foram incluídas pacientes com: progressão da nic; recidiva de nic 2+ após ezt; persistência de nic 1, durante 2 anos; e as com menos de 25 anos com nic 2 que se manteve ou evoluiu. no grupo “não casos”, aquelas com: exames normais; alteração de baixo grau na citologia sem correspondência na colposcopia; e nic 1 não persistente. a regressão logística e o modelo multivariado de cox foram utilizados para identificação dos fatores de risco independentes para diagnóstico e prognóstico de nic de alto grau e curva roc para avaliar sensibilidade e especificidade dos métodos. resultados: a coorte foi composta por 153 mulheres, pois 82 participantes não compareceram ao retorno e 19 tiveram diagnóstico de câncer no atendimento inicial. a análise dos resultados demonstrou: que as variáveis “idade maior ou igual a 30 anos” (or=3,6), “tamanho da lesão maior que 20%” (or=6,49), “aneuploidia” (or=12,04) e “hpv 16” (or=7,47) tiveram associação com o diagnóstico de nic 2+ (p<0,05) e “aneuploidia” (hr=4,34) e “portar hiv” (hr=6,47) (p<0,05) com lesões de pior prognóstico; e que a força de concordância (p<0,001) da colposcopia, pelo teste de kappa, foi boa, com sensibilidade de 79,3% (ic 95%,71,0-85,6) e especificidade de 94,4% (ic 95%, 88,3-97,4); da citometria do dna e da citologia oncótica, moderada (p<0,001), respectivamente com sensibilidade de 74,6% (ic 95%, 66,2-81,4) e 72,3% (ic 95%, 63,9-79,4) e especificidade de 85,3% (ic95%, 77,4-90,7) e 76,1% (ic 95%, 67,3-83,1); e dos testes de hpv de alto risco e hpv 16, fraca, com sensibilidade de 75,0% (ic 95%, 63,1-84,0) e 43,75% (ic 95%, 32,2-55,9) e especificidade de 50,0% (ic 95%, 35,8-64,1) e 88,64% (ic 95%, 76,0-95,0). conclusão: os resultados da pesquisa indicam que a detecção de aneuploidia por dna-icm, método indolor e não invasivo, é promissora para predição de lesão cervical mais grave, bem como o fato de ser portadora de hiv.