Os índices insatisfatórios de sucesso no tratamento e demora no diagnóstico têm suportado as altas taxas de incidência de tb na região da grande florianópolis. o objetivo do presente estudo foi entender a influência de fatores de risco do paciente e de características do microrganismo sucesso do tratamento de casos novos da doença por meio de uma coorte prospectiva de dois anos. o estudo, que acompanhou 223 casos novos de tb pulmonar tratados com esquema básico na região da grande florianópolis, utilizou dados clinico-epidemiológicos, além de genotipagem por spoligotyping, pesquisa da deleção rdrio por pcr e teste de sensibilidade à rifampicina e isonizada por microdiluição em caldo. os dados possibilitaram o mapeamento da doença na região, verificando uma distribuição geográfica heterogênea dos casos e uma sobreposição com áreas de alta densidade populacional, baixa renda e condições precárias de higiene e saneamento. foi possível verificar demora no diagnóstico dos sintomáticos respiratórios, contribuindo para um pior prognóstico individual e aumento na transmissão da doença na comunidade. todas as manifestações clínicas clássicas da doença estiveram presentes em mais de 80% dos casos, que acometeram predominantemente indivíduos do sexo masculino, a faixa etária economicamente ativa e foram associados a alto nível de desemprego. a coinfecção tb/hiv representou 1/5 dos casos novos de tb, que juntamente com a baixa escolaridade e o uso de drogas ilícitas, representaram fatores preditivos independentes associados a desfechos desfavoráveis. o mapeamento das sublinhagens de m. tuberculosis possibilitou a visualização da disseminação de pequenos clusters nos bairros de maior concentração da doença, destacando o sit216/lam5 que emergiu nos últimos cinco anos na região, tornando-se o mais frequente entre os isolados, indicando transmissão recente do bacilo. os sits 20/lam1 e 3099/lam9 mostraram associação com maior transmissibilidade e doença mais severa, ambos apresentaram a deleção rdrio em todos os isolados. no entanto, a deleção, presente em 1/3 dos casos novos estudados, não foi associada a alta transmissibilidade, mas foi predominante na faixa etária mais elevada e em microrganismos com cim mais baixas para rifampicina e isoniazida. além disso, apresentou ampla variedade genética e formação de pequenos clusters, possibilitando inferir a associação da deleção rdrio com reativação de tb latente. os sits 3099/lam9, 42/lam9 e 73/t associados a desfechos desfavoráveis, principalmente ao abandono, estiveram presentes em maior proporção entre usuários de drogas ilícitas. o sit50/h3 apresentou microrganismos com cim mais elevadas para rifampicina, incluindo um isolado monorresistente, e associação com desfechos desfavoráveis, corroborando a importância do antimicrobiano na terapia anti-tb. em conjunto com o st137/x2, que também apresentou cims elevadas para rifampicina, o sit50/h3 foi associado a indivíduos vivendo em situação de rua. cim para rifampicina = 0,5 ¿g/ml foram observadas principalmente entre indivíduos que viviam em situação de rua, abusavam de álcool. na família lam o sit216, associado a alta transmissibilidade, apresentou cim mais altas para isoniazida e rifampicina. os dados sugerem que, se mantido o ritmo de transmissão e abandono de tratamento atuais, envolvendo especialmente as sublinhagens h3, t1, lam5, e x2, a grande florianópolis enfrentará sérios problemas com tb-mdr em um futuro próximo. o estudo colaborou com a compreensão da dinâmica da tb e demostrou a influência direta de fatores de risco, da coinfecção com hiv e da diminuição da sensibilidade à rifampicina nos desfechos desfavoráveis na região, podendo auxiliar de maneira efetiva no planejamento de estratégias para diminuição da incidência da doença.