Os transtornos mentais estão entre as causas mais prevalentes que acarretam absenteísmo doença no serviço público. apresentam importante impacto econômico e social, uma vez que gera gastos públicos e interfere no atendimentos de serviços essenciais à população. o objetivo dessa pesquisa foi de descrever o perfil epidemiológico dos afastamentos por transtornos mentais e comportamentais (tmc) nos servidores da universidade federal de santa catarina, registrados no subsistema integrado de atenção à saúde do servidor público federal/siass ufsc, no período de 2012 a 2016. trata-se de um estudo tipo descritivo-exploratório e observacional, ecológico e do tipo série histórica. o perfil epidemiológico dos afastamentos do trabalho por tmc entre 2012 e 2016 foi predominantemente de servidores do sexo feminino e com mais de 41 anos. as mulheres apresentaram maior risco para transtornos do humor e de ansiedade, e homens para transtornos decorrentes do uso de álcool e drogas. os transtornos de humor e transtornos relacionados ao uso de álcool e drogas causaram afastamentos mais longos. a categoria de professores do ensino básico, técnico e tecnológico (pebtt) e técnicos administrativo em educação (tae) apresentaram maior risco de absenteísmo doença por tmc. entre os tae, o profissionais da enfermagem foram os que apresentaram as maiores prevalências. esses indicadores podem auxiliar no planejamento de ações, priorizando grupos mais vulneráveis e possibilitando intervenções mais efetivas e, sobretudo, a diminuição do adoecimento entre os servidores públicos.