Organismo geneticamente modificado (ogm) é um organismo cujo material genético foi manipulado através da utilização de técnicas de dna recombinante. apesar da adoção generalizada de ogms por muitos países, a necessidade de pesquisas em biossegurança continua sendo uma preocupação. as técnicas de transformação genética atualmente utilizadas para o desenvolvimento de plantas geneticamente modificadas inserem construções transgênicas em regiões aleatórias no genoma da planta hospedeira e são muitas vezes integradas perto de elementos genéticos importantes, como retrotransposons e sequências repetidas. isto impõe riscos adicionais devido à introdução de novas sequências reguladoras, que podem conduzir a alterações espaciais e temporais na expressão de genes endógenos. estas imprevisibilidades podem ter efeitos adversos sobre a estabilidade genética em longo prazo, bem como no valor nutricional, alergenicidade e toxicidade do ogm. estes processos genéticos representam áreas de pesquisa omitida, bem como lacunas no conhecimento relacionado a potenciais efeitos na saúde e meio-ambiente. além disso, a abordagem atual para a avaliação de possíveis efeitos indesejados de ogms é baseada na suposição de que um ogm é composto por duas partes, a planta e a proteína transgênica, que funcionam de forma linear e aditiva. esta abordagem, que se baseia no conceito de ‘equivalência substancial’, é altamente criticada pela comunidade científica e carece de hipóteses científicas bem fundamentadas. assim, o objetivo deste trabalho foi testar dois novos modelos metodológicos para caracterizar os potenciais efeitos adversos dos ogms em nível molecular. a primeira abordagem é baseada na análise comparativa do perfil proteico e níveis de transcrição transgênica de uma variedade de milho gm contendo duas inserções transgênicas, outra contendo apenas uma inserção sob o mesmo background genético e a variedade convencional correspondente. este modelo biológico proporciona uma oportunidade única de rastreamento de potenciais alterações no proteoma que derivam da combinação dos dois transgenes. a segunda abordagem baseia-se na utilização da ferramenta de interferência por rna para o silenciamento gênico. esta ferramenta fornece um meio para estudar genótipos transgênicos sem a acumulação de proteínas transgênicas, isolando assim os efeitos da inserção per se. o desenvolvimento dessas metodologias também acarretou em uma extensa revisão da literatura sobre ensaios de interferência por rna expressas de maneira transiente e estável em plantas. os resultados observados demonstram que as construções transgênicas não funcionam de forma linear e aditiva. mas influenciam a expressão global de genes endógenos, principalmente relacionados ao metabolismo energético e de estresse, dependendo do número de cópias e da natureza do transgene inserido. a presença de mais de um inserto no genoma hospedeiro também altera os níveis de expressão do transgene. ainda, a análise proteômica de plantas transgênicas silenciadas revelou um baixo número de proteínas endógenas alteradas, indicando que o acúmulo de proteína transgênica é um dos principais fatores que influenciam a modulação do proteoma da planta hospedeira. portanto, conclui-se que as novas abordagens metodológicas descritas e testadas podem fornecer uma metodologia científica útil e robusta para avaliações de risco de ogms. por fim, sugerimos que as agências regulatórias de biossegurança de ogms considerem que este tipo de estudo seja obrigatório e parte dos documentos produzidos pelos proponentes da tecnologia que visam a liberação comercial de novos eventos de transformação genética.