O consumo do tabaco por meio do narguilé tem aumentado significativamente, sendo a falta de conhecimento sobre os eventuais efeitos prejudiciais da fumaça produzida por esse dispositivo um dos fatores que contribui para o uso indiscriminado. no entanto, é sabido que as toxinas presentes na fumaça do narguilé são similares às encontradas na fumaça do cigarro. existe um gap de conhecimento sobre os efeitos, nas vias respiratórias, da exposição às toxinas que compõem a essência utilizada no narguilé, dessa forma o objetivo desse trabalho foi avaliar as alterações histológicas e imunoistoquímicas em língua e traqueia de camundongos swiss expostos a fumaça de narguilé por meio de um estudo observacional. sessenta animais foram divididos em 6 grupos: controle (sem exposição), 7, 15, 30, 60, 90 dias de exposição diária a fumaça de narguilé através de sistema de corpo-todo. estes foram posteriormente eutanasiados e os epitélios de língua e traqueia avaliados através de coloração em h&e e imunoistoquímica para avaliação da expressão das proteínas nanog, oct-4, sox-2, ki-67 e p53. foram utilizados testes de normalidade de shapiro-wilks, teste de kruskal- wallis, teste pos-hoc de bomferroni e considerou-se significantes valores de p<0,05. em língua, observou-se discretas alterações citológicas e arquiteturais sugestivas de alterações displásicas enquanto em traqueia pôde ser observado perda de epitélio, hiperplasia epitelial e discreta ceratinização que indicam início de metaplasia. estas alterações aumentaram progressivamente conforme o aumento do tempo de exposição à fumaça do narguilé. em língua, quando comparado com o controle, nanog, sox-2 e p53 revelaram maior expressão após 30 dias do uso de narguilé, ki-6 e p53 após 90 dias e oct-4 não revelou diferenças. em traqueia, quando comparado com o controle, houve menor expressão de nanog e oct-4 após 7 dias, maior expressão de ki-67 após 30 dias, e oct-4 com menor expressão e p53 com maior expressão após 60 dias. as expressões alteradas das proteínas nanog, sox-2, p53 e ki-67 em língua e nanog, oct-4, p53 e ki67 em traqueia sugerem um potencial carcinogênico do narguilé em língua e metaplásico em traqueia nos tempos estudados.