O uso intensivo de agrotóxicos tem levado à contaminação dos alimentos e da água. dentre esses, os herbicidas a base de glifosato (hbg) são os mais utilizados no brasil e no mundo. no presente estudo, investigou-se as mudanças na microbiota intestinal, bem como alterações bioquímicas e histomorfológicas no duodeno e cólon final de ratos imaturos após exposição materna ao hbg. para tanto, ratas fêmeas prenhas (linhagem wistar) foram expostas a 1% da formulação comercial roundup® (equivalente a 0,36% de glifosato) na água de beber a partir do 5º dia gestacional e o tratamento prosseguiu até os filhotes completarem 15 dias de idade. o grupo controle recebeu água durante o mesmo período. os resultados mostraram aumento no conteúdo de espécies reativas de oxigênio (ero) e de peroxidação lipídica tanto em duodeno como em cólon dos filhotes expostos ao hbg durante a gestação e lactação. em homogeneizado de duodeno e porção final cólon observou-se alterações na atividade de enzimas do sistema de defesas antioxidantes, compatível com desequilíbrio no estado redox desses tecidos. além disso, observou-se aumento no conteúdo de tnf-¿ na porção final do cólon dos animais expostos, sugerindo a implicação de processo inflamatório na toxicidade do herbicida. ademais, a microbiota intestinal destes animais foi significativamente alterada, com aumento no conteúdo relativo de firmicutes e bacteroidetes fragilis, além do conteúdo fecal apresentar-se acidificado. imagens de microscopia eletrônica de transmissão e varredura indicaram alterações ultraestruturais em mitocôndrias, diminuição na produção de muco, maior espaçamento de vilosidades e, consequente translocação bacteriana em preparações intestinais de animais expostos. poucos são os estudos avaliando efeitos do hbg no intestino; no entanto, os resultados corroboram dados já descritos na literatura cientifica quanto ao hbg induzir estresse oxidativo e inflamação em outros tecidos. os resultados de alteração na microbiota corroboram os estudos publicados recentemente com outros modelos experimentais de exposição ao hbg, sendo o presente estudo o primeiro a demostrar as alterações ultraestruturais no intestino ocasionadas pela exposição indireta ao hbg, assim como a consequente translocação bacteriana. os resultados reforçam a necessidade de investigar os efeitos induzidos pela exposição ao hbg e seus impactos fisiopatológicos.