A poluição aquática é considerada uma das principais preocupações ambientais nas áreas urbanas. o aumento populacional, com o crescimento desordenado da urbanização próximo às margens dos rios introduz nestes ambientes, de forma direta e indireta, diversos compostos orgânicos e inorgânicos, muitos destes com potencial genotóxico e mutagênico. num esforço de identificar os efeitos da exposição de organismos aquáticos a estes agentes potencialmente genotóxicos, este estudo teve por objetivo verificar o potencial genotóxico e mutagênico das águas do rio cubatão do sul, importante manancial de captação e distribuição de água potável para a região da grande florianópolis, sobre a espécie de peixe oreochromis niloticus. o rio cubatão do sul foi subdividido em 4 estações amostrais, de maneira a abranger as diferentes ocupações ao longo do curso de água, onde foram coletadas amostras de água quinzenalmente para a exposição de o. niloticus em laboratório por 280 dias. foram realizados testes de frequência de células micronucleadas, testes epigenéticos e de verificação do estresse oxidativo. o teste do micronúcleo foi realizado com a determinação da frequência de células micronucleadas em eritrócitos de o. niloticus, a verificação do estresse oxidativo foi realizada com a quantificação das taxas do malondialdeído e as alterações epigenéticas verificadas através da quantificação do percentual de 5-metilcitosina. os resultados indicaram que as amostras de água analisadas do rio cubatão do sul provocaram efeitos tóxicos durante todo o período de estudo. a elevação na frequência de micronúcleos, assim como aumentos expressivos nas taxas de malondialdeído e 5-metilcitosina demonstraram que esta mistura ambiental complexa das águas do rio cubatão do sul foram capazes de ocasionar danos genotóxicos em o. niloticus. a genotoxicidade verificada foi atribuída às fontes não pontuais de poluição provenientes do escoamento superficial de efluentes domésticos e agrícolas sem tratamento e serve de alerta ambiental, pois o rio cubatão do sul é utilizado como manancial de água para abastecimento humano.