Conhecer o grau de conectividade e de diversidade genética pode auxiliar a elucidar quais são as populações em vias evolutivas de especiação ou que estão mais vulneráveis às mudanças ambientais. tendo em vista a importância ecológica de mileporídeos no oceano atlântico, este estudo objetivou investigar os padrões de conectividade e de diversidade genética de corais-de-fogo do atlântico tropical, e combinou dados moleculares e morfológicos para melhor distinguir as espécies endêmicas simpátricas. a análise filogenética, baseada na sequência de dna mitocondrial (dnamt) 16s dnar, corroborou a existência de quatro clados monofiléticos no atlântico sul: millepora alcicornis, m. braziliensis, m. nitida e m. laboreli. a morfometria revelou o diâmetro dos gastróporos e dactilóporos como sendo as principais variáveis que distinguiram o morfotipo m. nitida incrustante dos outros dois morfotipos, m. nitida ramificada e m. braziliensis. entre as regiões do caribe, brasil e atlântico oriental observou-se alta estruturação genética das populações de m. alcicornis (?st = 0,596—0.680, p < 0,05). no brasil, as populações das espécies endêmicas m. braziliensis (?st = 0,689, p < 0,05) e m. nitida (?st = 0,828, p < 0,05) mostraram-se altamente estruturadas, ao passo que alta conectividade predominou nas populações de m. alcicornis (?st < 0,106), com exceção particularmente do arquipélago de fernando de noronha. a diversidade genética decresceu em direção às margens da distribuição de m. alcicornis (h = 0—0,982), m. braziliensis (h = 0,286—0,702) e m. nitida (h = 0,255—0,667). os resultados de análises de estruturação genética sugerem que a pluma dos rios amazonas-orinoco (do inglês “amazon-orinoco plume”, aop) e a extensão de oceano aberto dividindo o atlântico oriental e ocidental, também conhecida como barreira do atlântico central (do inglês “mid-atlantic barrier”, mab) são as principais barreiras ao fluxo gênico em m. alcicornis ao longo do caribe, brasil e atlântico oriental. o deságue do rio são francisco parece restringir a dispersão das espécies endêmicas de forma a evitar a sobreposição de suas áreas, mas ao mesmo tempo é permeável a m. alcicornis, espécie de ampla distribuição. a perda de diversidade em direção às margens da distribuição pode ser responsável pela perda da capacidade de resiliência das populações periféricas frente a distúrbios ambientais. sendo assim, as populações periféricas da espécie de mais ampla distribuição (m. alcicornis) e as populações mais centrais das espécies endêmicas (m. braziliensis e m. nitida) merecem atenção especial dos esforços conservacionistas.