Este trabalho objetivou o desenvolvimento de um modelo para avaliação da capacidade de gestão da assistência farmacêutica em municípios catarinenses, sob os aspectos organizacional, operacional e de sustentabilidade. utilizou-se como referencial teórico metodológico o trabalho desenvolvido pelo núcleo de estudos e pesquisas em assistência farmacêutica (nepaf), da faculdade de farmácia da universidade federal da bahia (ufba) onde a gestão é entendida como um processo técnico, político e social, capaz de produzir resultados. a escolha do referencial teórico de capacidade de governo de matus, refletido no conceito de capacidade de gestão da assistência farmacêutica, tem por base a necessidade de superar a fragmentação e a redução tecnicista imposta à assistência farmacêutica. entendendo a capacidade de gestão da assistência farmacêutica no âmbito municipal como o objeto a ser avaliado, desenvolveu-se o modelo teórico e o modelo teórico-lógico para definição das categorias de análise dos dados. a revisão da matriz avaliativa foi participativa, realizada por meio de debates e oficinas de consenso, com a participação de pesquisadores da área e com os coordenadores de assistência farmacêutica de municípios catarinenses. com base nas mudanças propostas na matriz, foram desenvolvidos os instrumentos de pesquisa. o modelo de avaliação desenvolvido pelo nepaf permitiu aprofundamento e discussão do tema, baseado em um modelo de avaliação já aplicado no serviço. esta proposta de modelo de avaliação foi apresentada para os municípios catarinenses como método para avaliação da capacidade de gestão, em uma visão ampliada do processo de gestão municipal da assistência farmacêutica. o modelo construído e proposto para os municípios amplia e traz avanços para o referencial da gestão da assistência farmacêutica. propõe-se uma mudança do foco técnico-logístico, para um campo de ação com envolvimento político e social, pautado nos princípios do sistema único de saúde (sus). recomenda-se que a utilização deste modelo por outros atores e em outros contextos seja feita de maneira a não se restringir à aplicação de indicadores, medidas e parâmetros apresentados na matriz avaliativa. é de suma importância que o processo de adequação da matriz de avaliação seja realizado de forma participativa para que o modelo reflita o contexto onde será aplicado.