Embora conhecida como uma doença de alta endemicidade na região amazônica do brasil, a presença de leishmaniose tegumentar americana (lta) na parte subtropical do sul do país tem recebido pouca atenção dos órgãos oficiais de saúde pública brasileira. este estudo foi realizado para demonstrar que a lta é uma zoonose emergente e endêmica no estado de santa catarina. além de caracterizar o perfil epidemiológico, o presente estudo incorporou métodos moleculares para a identificação das espécies de leishmania e a tipagem das cepas de leishmania (viannia) braziliensis do estado. para este estudo transversal retrospectivo, foram avaliados os dados de todos os casos de lta em santa catarina notificados ao sistema de informação de agravos de notificação (sinan), no período entre 2001 e 2009, e o perfil epidemiologico foi comparado entre as duas regiões do estado. os resultados mostram que a lta é recentemente endêmica na região nordeste do estado de santa catarina, com o perfil epidemiológico variado entre as distintas regiões do estado. a lta do estado é predominantemente uma doença de transmissão urbana. a pcr-rflp de kdna identificou 98,8% das amostras como sendo l. (v.) braziliensis (248/251), e 1,2% somente como sendo l. (leishmania) amazonensis. a análise de sequências multilocus (mlsa) de seis loci gênicos de 33 isolados de santa catarina e 53 isolados de onze outros estados brasileiros de l. (v.) braziliensis, agrupou as cepas em três principais complexos clonais (cc). a maioria (84,8%, 28/33) das cepas de santa catarina pertencem ao cc1, mostrando elevada homogeneidade genética. o mesmo foi observado na análise da estrutura populacional, que identificou três populações com a maioria das cepas de santa catarina pertencentes a uma população principal. a mlsa foi capaz de distinguir padrões epidemiológicos entre as cepas, demonstrando o potencial da técnica como ferramenta epidemiológica. esses dados sugerem que a emergência da lta causada pela l. (v.) braziliensis na população humana em santa catarina é um fenômeno recente que requer o desenvolvimento urgente de medidas de controle.