Este estudo teve como objetivo determinar a eficácia de dois protocolos padronizados e recomendados para tratamento endodôntico (protocolo ufsc e técnica preconizada por guedes-pinto), na redução do conteúdo séptico de canais radiculares de dentes decíduos com necrose pulpar e lesão perirradicular, e identificar a persistência de espécies bacterianas relacionadas ao insucesso endodôntico. para tanto, 32 canais radiculares de dentes decíduos de crianças atendidas na clínica de odontopediatria da universidade federal de santa catarina - brasil foram aleatoriamente divididos em duas técnicas endodônticas a serem realizadas: protocolo ufsc (n=16) e preconizada por guedes-pinto (n=16). amostras microbianas foram coletadas usando três pontas de papel estéreis por canal em vários tempos (protocolo ufsc: "inicial" - antes do preparo químico-mecânico [t1], "intermediário" - após o preparo químico-mecânico [t2] e "final" - após o curativo de demora, no momento da obturação [t3]; preconizada por guedes-pinto: "inicial" - antes [t1] e "final" - após o preparo químico-mecânico, no momento da obturação [t2]). a identificação microbiológica foi realizada pelo método de hibridização dna-dna checkerboard para 40 espécies bacterianas diferentes. para os controles positivos, foram utilizadas suspensões contendo todas as espécies microbianas avaliadas em duas concentrações (105 e 106 células bacterianas). os níveis de detecção foram determinados por escores: 0 = ausência de sinal de quimioluminescência; 1 = < 105 células; 2 = ~ 105 células; 3 = entre 105 e 106 células; 4 = ~ 106 células; 5 = > 106 células. a análise estatística foi realizada usando número médio, proporção e contagem média, comparando os tempos pelo teste de friedman (protocolo ufsc) e teste de wilcoxon (preconizada por guedes-pinto) (p<0,05). a avaliação microbiológica dos canais radiculares estudados mostrou a presença de uma infecção polimicrobiana. as comparações feitas entre os tempos do protocolo ufsc demonstraram que t1xt2 e t1xt3 reduziram significativamente em proporção e número médio de espécies gerais (p<0,05), enquanto que um aumento foi observado no tempo t2xt3 (p<0,05). para as espécies relacionadas ao insucesso, o tempo t1xt2 reduziu (5,9 para 3,9) enquanto que os tempos t2xt3 e t1xt3 aumentaram o número médio dessas espécies (3,9 para 6 e 5,9 para 6, respectivamente). as comparações entre os tempos da técnica preconizada por guedes-pinto demonstraram que o t2 reduziu significativamente em número médio de espécies gerais (p<0,05), enquanto que em proporção, a redução não foi significativa (p>0,05). uma redução do número médio (6,0 para 4,6) também ocorreu para as espécies relacionadas ao insucesso. a partir dos achados deste estudo, pode-se concluir que os canais radiculares de dentes decíduos com necrose pulpar apresentam infecção polimicrobiana. os dois protocolos de tratamento endodôntico avaliados têm a capacidade de reduzir significativamente o conteúdo séptico de canais radiculares de dentes decíduos portadores de necrose pulpar com lesão perirradicular. com exceção da bactéria porphyromonas endodontalis, todas as bactérias estudadas, relacionadas ao insucesso endodôntico, persistiram no momento da obturação. porém, algumas com menor intensidade.