Universidade Federal de Santa catarina (UFSC)
Programa de Pós-graduação em Engenharia, Gestão e Mídia do Conhecimento (PPGEGC)
Detalhes do Documento Analisado
Centro: Ciências Biológicas
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e do Desenvolvimento
Dimensão Institucional: Pós-Graduação
Dimensão ODS: Social
Tipo do Documento: Dissertação
Título: ELABORAÇÃO DE UM PAINEL DE MARCADORES DE ANCESTRALIDADE PARA ESTUDOS CASO-CONTROLE E ORGANIZAÇÃO DAS INFORMAÇÕES EM BANCO DE DADOS LOCAL
Orientador
- ILIADA RAINHA DE SOUZA
Aluno
- GUILHERME DEBORTOLI
Conteúdo
Debortoli, g. elaboração de um painel de marcadores de ancestralidade para estudos caso-controle e organização das informações em banco de dados local. 2013. 112p. dissertação de mestrado universidade federal de santa catarina, florianópolis, sc. a população brasileira é produto da miscigenação entre três principais grupos étnicos: ameríndios (que já habitavam estas terras à época do descobrimento), europeus (principalmente portugueses) e africanos (trazidos de forma forçada como mão de obra escrava). estimar as diferentes proporções de ancestralidade em populações miscigenadas é de extrema importância para estudos genéticos que buscam encontrar alelos de sucetibilidade a doenças, uma vez que a não correção da estratificação populacional pode ocasionar desvios levando a associações espúrias. para o controle da estratificação populacional, a utilização de marcadores informativos de ancestralidade tem sido amplamente utilizada por apresentar um alto diferencial de frequência entre populações de regiões geograficamente distintas. o objetivo deste estudo foi genotipar quatro marcadores informativos de ancestralidade adequados para amostras da população brasileira visando estender esta abordagem para entender a estruturação populacional em estudos de caso-controle, utilizando como modelo a doença psoríase. adicional ao principal objetivo, um banco de dados biológico (bdb) foi diagramado e implementado, para auxiliar na organização e armazenamento de informações a respeito das amostras aqui utilizadas. as frequências dos quatro marcadores (at3, sb19.3, apo e pv92) foram estimadas em amostras de pacientes (psr) diagnosticados com psoríase (n=100) e controles saudáveis (psc) sem histórico de doença (n=100, psc) coletadas na cidade de florianópolis - sc. os perfis genéticos foram obtidos através de pcr convencional e eletroforese em gel de agarose. as análises estatísticas empregaram programas tais como genepop, gda e admix 3. o bdb proposto foi desenvolvido e estruturado em sistema de gestão de bases de dados relacionais mysql, e a interface gráfica foi desenvolvida em linguagem php e html. por meio de análises moleculares e estatísticas, os resultados obtidos evidenciaram que os dois grupos de indivíduos aqui estudados (psr e psc) apresentaram semelhanças quanto a sua ancestralidade genética, não sendo observado grandes diferenças populacionais. as estimativas de mistura revelaram que as duas populações analisadas são tri-híbridas, com alta preponderância do componente europeu, seguido de africano e ameríndio respectivamente. apesar dos poucos marcadores utilizados foi possível discriminar a contribuição genética dos grupos ancestrais indicando que mesmo um número reduzido de marcadores pode ser suficiente, desde que apropriadamente selecionados, para responder uma pergunta específica. o bdb construído e diagramado neste trabalho recebeu o nome de lapogedb (lapoge database - www.lapoge.sites.ufsc) e, mostrou-se uma ferramenta eficaz para o armazenamento estruturado de informações que variam entre dados epidemiológicos e genéticos referentes a amostras utilizadas ao longo de 19 anos de funcionamento do laboratório de polimorfismos genéticos da universidade federal de santa catarina (lapoge-ufsc).
Pós-processamento: Índice de Shannon: 3.81302
| ODS 1 | ODS 2 | ODS 3 | ODS 4 | ODS 5 | ODS 6 | ODS 7 | ODS 8 | ODS 9 | ODS 10 | ODS 11 | ODS 12 | ODS 13 | ODS 14 | ODS 15 | ODS 16 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4,47% | 4,78% | 18,08% | 4,08% | 3,56% | 5,09% | 3,78% | 5,51% | 5,19% | 4,71% | 10,60% | 5,32% | 3,06% | 5,67% | 9,10% | 7,00% |
ODS Predominates
4,47%
4,78%
18,08%
4,08%
3,56%
5,09%
3,78%
5,51%
5,19%
4,71%
10,60%
5,32%
3,06%
5,67%
9,10%
7,00%