A fauna parasitária de peixes é bem conhecida no brasil, mas poucos são os estudos sobre preferência por microhabitat tanto em peixes selvagens como cultivados. com este estudo objetivou-se identificar a preferência por microhabitat de monogenea nos arcos branquiais de jundiá, rhamdia quelen, em diferentes densidades de estocagem em condições controladas de laboratório. os peixes foram distribuídos em três densidades de estocagem: 14 peixes.50 l-1 (6 g.l-1), 28 peixes.50 l-1 (12 g.l-1) e 42 peixes.50 l-1 (18 g.l-1). foram realizadas 3 coletas, sendo a primeira inicial, aos 5 dias de cultivo e a última no décimo dia de experimento. as brânquias foram coletadas, os arcos branquiais separados e numerados da região externa para a interna do opérculo: arcos i, ii, iii e iv, separados em 3 setores: segmento ventral, mediano e dorsal, e fixadas em álcool 70% para posterior análise e identificação dos parasitos. o monogenea aphanoblastella mastigatus foi predominante em todas as densidades de estocagem, exceto na coleta inicial. não houve diferença em relação ao número de parasitos para ambas espécies scleroductus sp. e a. mastigatus nas brânquias dos lados direito e esquerdo. scleroductus sp. não mostrou preferência por microhabitat por arco e nem por setor branquial na amostras coletadas. por outro lado, a abundância média e a prevalência de a. mastigatus, na densidade de 6 g.l-1, foram maiores nos três primeiros arcos branquiais e nos setores dorsal e mediano. na densidade de 12 g.l-1, houve preferência de a. mastigatus para os dois primeiros arcos branquiais e setor dorsal. os arcos branquiais i e ii apresentaram maior abundância e prevalência de parasitos nos peixes na maior densidade de estocagem, e região dorsal. observou-se padrão de preferência de a. mastigatus para as regiões mais externas das brânquias do hospedeiro independente da densidade de cultivo e dia de coleta