A presente dissertação analisa a controvérsia sobre as pesquisas com células-tronco embrionárias a partir da teoria dos sistemas de niklas luhmann. o surgimento da lei de biossegurança, em 2003, que legalizava a utilização de embriões congelados, excedentes de processos de fertilização assistida, para pesquisas científicas, marcou o início da controvérsia, que se estendeu até o julgamento da constitucionalidade da lei, no supremo tribunal federal em 2008. a polêmica em torno destas pesquisas envolveu vários setores da sociedade, principalmente dos meios científico, religioso, político e jurídico. argumentamos que a teoria da sociedade funcionalmente diferenciada, proposta por luhmann, é capaz de esclarecer esta série de acontecimentos envolvendo as pesquisas. a sociedade é diferenciada em um conjunto de sistemas autopoiéticos, operacionalmente fechados, cada um operando através de um código próprio. analisando a controvérsia através da referência dos sistemas da ciência, da religião, da política, e do direito, podemos compreender as circunstâncias sociais que direcionaram a sucessão de eventos acerca das células-tronco embrionárias.