A partir do ano 2000, o brasil criou uma série de programas de sanidade animal com o objetivo de baixar a incidência de algumas zoonoses, concomitante com um programa de certificação e identificação do rebanho bovino. o serviço de certificação e identificação de toda a cadeia da carne bovina, além de ser uma exigência do mercado europeu, possui a finalidade de demonstrar com transparência o processo de produção de carne brasileira. nesta tese, analisam-se os seguintes programas: programa nacional de controle de erradicação da brucelose e da tuberculose, programa nacional de controle e erradicação da raiva bovina, programa de prevenção e controle da encefalopatia espongiforme bovina e, o sistema brasileiro de certificação e identificação de bovinos e bubalinos. todas as doenças aqui estudadas são zoonoses de responsabilidade do estado (cujas ações devem também envolver a iniciativa privada) e seu controle faz parte das exigências de organizações internacionais que regulam o mercado internacional de carne e subprodutos de origem bovina. a brucelose é uma doença que está disseminada em todo o território brasileiro causando grandes prejuízos econômicos ao país. a tuberculose reapareceu com sintomatologia e sinais clínicos diferenciados, além disso, na década de 1990, acreditava-se que a doença estava controlada e com grande possibilidade de erradicação, o que não aconteceu. a raiva é uma doença cujo controle acarreta grandes despesas econômicas para toda américa latina e necessita do envolvimento de vários setores públicos, da iniciativa privada e também de ações conjuntas entre estados. a encefalopatia espongiforme bovina necessita de estudos sobre sua epidemiologia; no brasil aconteceu apenas um caso (2012), denominado de “atípico”. com base nos aspectos institucionais que regulam no âmbito nacional as enfermidades estudadas, nos conceitos de governança global em saúde, interdependência, externalidades, configuração e doenças emergentes e nos discursos dos atores envolvidos na gestão do sistema de rastreamento, este trabalho analisa as dificuldades encontradas pelos profissionais para colocar em prática as exigências institucionais para o controle destas enfermidades. estuda ainda o mercado internacional de carne bovina, com enfoque na produção brasileira e nas relações com organizações internacionais que regulam esta atividade. a pesquisa apontou que o brasil terá dificuldades em implantar programas que seguem modelos já existentes em outros países devido a uma série de fatores, entre eles, ao fato das normativas não considerarem as práticas e modo de produção local. em referência às doenças, foi constatado que são necessários, em caso de zoonoses emergentes, estudos sobre a ocorrência destas enfermidades e o reconhecimento de especificidades locais e regionais na construção de políticas publicas. constatamos também que essas especificidades locais devem ser levadas em consideração, mesmo sabendo-se que elas poderão representar embates com as organizações internacionais quanto ao controle das zoonoses aqui estudadas.