A infecção pelo hpv é um fator de risco independente para o desenvolvimento dos carcinomas de células escamosas da cabeça e pescoço (ccecp). estudos recentes demonstram que os ccecp hpv positivos representam uma classe diferenciada de tumores, resultando em implicações clínicas e biológicas favoráveis no tratamento e prognóstico dos pacientes. ainda não existe um consenso sobre o método mais adequado para a detecção do hpv nas diversas amostras biológicas. além disso, no brasil existem poucos estudos a respeito da associação do hpv nos tumores da cavidade oral e, assim como no âmbito global, seus resultados são discordantes. o objetivo deste estudo foi avaliar a utilização dos conjuntos de oligonucleotídeos iniciadores (primers) gp5+/6+, my09/11 e pgmy09/11 para a detecção do dna do hpv pela reação em cadeira da polimerase (pcr) e verificar a prevalência da infecção pelo hpv nos pacientes com carcinoma de células escamosas da cavidade oral (cceo) atendidos no ambulatório de estomatologia da universidade federal de santa catarina (ufsc). para isto, foram coletadas amostras de tecido oral fixado em formalina e embebido em parafina (ffep) dos pacientes atendidos no período de setembro de 2006 a dezembro de 2013, com resultados histopatológicos positivos para cceo. as amostras foram submetidas à pcr convencional utilizando os primers gp5+/6+, my09/11 e pgmy09/11 e as amostras negativas nestas reações foram submetidas à nested pcr com os primers my/gp+ e pgmy/gp+. nenhuma das amostras (0,0%) foi detectada positiva para o hpv nas pcrs com os primers gp5+/6+ e my09/11, enquanto 13% (3/23) foram positivas para o vírus quando foi utilizado o conjunto de primers pgmy09/11. o uso da nested pcr pgmy/gp+ aumentou a detecção do hpv para 17,4% (4/23), enquanto na nested pcr my/gp+ nenhuma das amostras (0,0%) foi positiva para o vírus. com isso, apenas 17,4% do total de casos de cceo foram associados ao hpv, sendo que a maioria dos casos (73,9%) foi associada ao consumo de tabaco e/ou álcool. não foi observada associação estatística entre a presença do hpv e os outros fatores de risco para o cceo (sexo, idade, consumo de álcool, tabaco e outros). a nested pcr pgmy/gp+ se mostrou a técnica mais adequada para a pesquisa do dna do hpv em amostras ffep de cceo.