A bacia do alto rio uruguai caracteriza-se por ser um dos mais importantes corredores da biodiversidade do cone sul, porém, devido à sua acentuada inclinação, foram instaladas usinas hidrelétricas na calha principal do rio uruguai, o que alterou o hábitat, a diversidade e a estrutura das espécies de peixes desse ambiente. tendo por objetivo analisar a diversidade de peixes na região do alto rio uruguai em uma série temporal de longa duração, entre os anos de 1995 e 2012, este estudo foi desenvolvido, englobando dados obtidos antes e depois da criação dos reservatórios. como resultado deste trabalho foi registrada uma riqueza total composta por 105 espécies de peixes, sendo capturados 195.185 exemplares pertencentes a 07 ordens e 22 famílias, resultado de 939 dias de campanhas de campo. a riqueza total destas espécies esteve distribuída ao longo de um gradiente no sentido montante-jusante nos diferentes ambientes do rio, apresentou alteração ao longo dos anos e no espaço. com base nos dados de riqueza de espécies, nas curvas de rarefação e no estimador de riqueza chao 2, no ano de 1996 foi registrada a maior diversidade, antes da construção do reservatório da usina hidrelétrica de itá. a abundância relativa desta riqueza de espécies, apresentada por meio do diagrama de whittaker, apresentou mudanças na estrutura da comunidade. a dissimilaridade de bray-curtis também mostrou diferenças na estrutura dessa riqueza antes e depois da formação dos reservatórios, através da análise de agrupamento, sendo que a riqueza de espécies de peixes diminuiu ao longo dos anos nos reservatórios estudados. o geoprocessamento foi aplicado ao banco de dados dos atributos espaciais e na base cartográfica da área, no intuito de incorporar os dados de riqueza e diversidade calculados, mostrando por meio de mapas a sua variação.