Microalgas têm sido apontadas como fonte promissora de matéria-prima para biodiesel devido à características como rápido crescimento e elevado teor de lipídios. entretanto, diversos gargalos tecnológicos dificultam sua produção em escala industrial. a separação da biomassa do meio de cultura é uma das dificuldades que eleva o custo de produção do biodiesel. o objetivo deste estudo foi determinar a eficiência de separação da biomassa de microalgas através de floculação e o efeito desta metodologia no teor de ésteres metílicos de ácidos graxos (fames) da biomassa. amostras de culturas de phaeodactylum tricornutum (ptr) e nannochloropsis oculata (noc) foram coletadas nas fases estacionária e exponencial, e submetidas aos tratamentos em três valores de diluição da biomassa para cada fase (0, ½, e ¼). para separação da biomassa foram utilizadas três concentrações (5, 7,5 e 10 mg.l-1) de floculante de poliacrilamida catiônica (pac) e um tratamento (n) elevando o ph do meio até 10,5 com o emprego de hidróxido de sódio (naoh). o tempo de sedimentação das culturas após aplicação dos tratamentos foi de 15 min. análises de ácidos graxos e fames da biomassa de ptr foram realizadas na fase estacionária. nenhuma das doses de pac resultou na formação de flocos de noc, e a separação utilizando naoh foi eficiente em en-0 (93,84%) e sn-0 (86,07%). para ptr a utilização de naoh resultou em valores de eficiência entre 94,82% (sn-¼) e 99,40% (sn-0), e com pac entre 98,55% (s5-¼) e 99,95% (s10-0). análises de ácidos graxos totais de ptr apresentaram ácidos graxos predominantemente monoinsaturados (49,37%) com a utilização de pac e saturados (70,40%) com utilização de naoh. o rendimento em fames da biomassa separada com naoh foi 21,7% menor do que o maior rendimento obtido no tratamento s7,5-0. devido a ser a menor dose, e possuir a mesma eficiência que as doses maiores, sugerimos, para ptr, a utilização de 5 mg.l-1 de pac na fase estacionária e sem diluir a biomassa. para noc, o pac não foi eficiente nas doses testadas e o naoh deve ser utilizado sem diluição da biomassa. entretanto, devido a influência do naoh nas classes de ácidos graxos da biomassa de ptr e no rendimento em fames, não aconselhamos seu uso