O objetivo do estudo foi determinar a prevalência e os fatores associados ao sobrepeso e à obesidade em estudantes universitários de uma instituição pública brasileira em dois inquéritos (2010 e 2012). esta pesquisa caracteriza-se como inquérito transversal repetido, mediante a análise de dados de dois inquéritos do estudo monisa (monitoramento dos indicadores de saúde e qualidade de vida de acadêmicos). os procedimentos metodológicos foram os mesmos nos dois inquéritos. a amostragem foi estratificada e proporcional aos cursos, ano de ingresso na universidade e período de estudo, e os estudantes escolhidos por seleção aleatória simples. as amostras estimadas foram: 2010 – 1.232; 2012 – 1.243. o sobrepeso e a obesidade, estimados pelo índice de massa corporal, calculado com base as medidas referidas da massa corporal e estatura foram investigados neste estudo. as variáveis exploratórias incluíram as sociodemográficas, de vínculo com a universidade e comportamentos relacionados à saúde. foram empregadas as análises descritivas e a medida de associação foi o odds ratio (or), estimado pela regressão logística multinomial. participaram desta pesquisa, 1.084 e 1.085 estudantes universitários, em 2010 e 2012, respectivamente. tanto em homens (sobrepeso – 2010: 23,0% e 2012: 25,1%; obesidade – 2010: 7,2% e 2012: 6,2%) quanto em mulheres (sobrepeso – 2010: 12,8% e 2012: 15,2%; obesidade – 2010: 2,5% e 2012: 2,8%) não foram verificadas diferenças nas prevalências entre os inquéritos, mas, foram maiores em homens. além disso, em homens do 1º ano de exposição à universidade, as prevalências de sobrepeso e obesidade foram maiores em 2012. os homens de maior faixa etária nos dois inquéritos, e para aqueles com companheiro em 2012, e que consumiam carnes vermelhas com gordura visível em 2010 apresentaram associação com o sobrepeso; aqueles de maior faixa etária em ambos os inquéritos, e com companheiro no inquérito de 2010, que consumiam hortaliças até 4 dias/semana foram associados à obesidade. em mulheres, aquelas com companheiro e que praticavam atividades físicas no lazer em intensidade moderada e vigorosa foram associadas ao sobrepeso. as prevalências de sobrepeso e obesidade foram semelhantes nos dois inquéritos, e em homens, a maior faixa etária se associou ao sobrepeso e obesidade nos dois estudos.