Os sistemas aquáticos continentais são de fundamental importância para as mais diversas formas de vida e usos antrópicos. entre eles destacam-se as lagoas costeiras pela importância ecológica, especialmente por constituírem um sistema de alta produtividade e que apresenta interações com os ecossistemas adjacentes. entre os organismos presentes nestes ambientes, encontra-se o fitoplâncton, constituindo populações dinâmicas, com flutuações espaciais e temporais. o uso destes, associado à parâmetros químicos e físico-químicos constitui ferramenta amplamente utilizada para diagnóstico da qualidade ambiental e para a adoção de medidas de gestão dos recursos hídricos. este trabalho teve como principal objetivo diagnosticar a qualidade da água de duas lagoas costeiras do sul de santa catarina (laguna do sombrio e lagoa azul) através da avaliação de variáveis bióticas e abióticas, sendo que em uma delas foi determinada a estrutura da comunidade fitoplanctônica (l. azul). em cada lagoa foram definidos 3 pontos amostrados em 4 ocasiões (n=12) para a determinação de temperatura da água e do ar, oxigênio dissolvido, condutividade elétrica, ph, profundidade, transparência da água, alcalinidade, clorofila a, nitrato, nitrito, amônia, fosfóro reativo solúvel total, silicato, carbono orgânico total. as coletas foram realizadas em julho de 2012 (inverno), outubro de 2012 (primavera), dezembro de 2012 (início de verão) e março de 2013 (verão tardio). a análise dos dados compreendeu a geração do índice de estado trófico, análises multivariadas e um exercício relacionado ao enquadramento das águas nas classes de uso da resolução 357/2005 do conama. de maneira geral a qualidade das águas das duas lagoas foi boa, apesar de serem classificadas como mesotróficas. com base na resolução 357/2005 do conama a maioria dos parâmetros analisados foram típicos de classe 1 - águas doces, apesar de serem considerados corpos de água classe 2, representando assim, água de boa qualidade para os usos a que se destina. a análise quantitativa das amostras de fitoplâncton da lagoa azul permitiu a determinação de 48 táxons genéricos (gêneros), distribuídos entre as classes bacillariophyceae (17), cianophyceae (5), chlorophyceae (19), euglenophyceae (5), crysophyceae (1) e dinophyceae (1). já a análise qualitativa com ênfase no grupo das diatomáceas (bacillariophyceae) permitiu determinar 101 táxons, sendo os gêneros mais representativos foram pinnularia ehrenberg (20), eunotia ehrenberg (13), navicula bory de saint-vincent (12) e gomphonema ehrenberg (6). todas as análises apontaram para uma nítida sazonalidade tanto nas variáveis abióticas como nas relacionadas ao fitoplâncton. os resultados obtidos representam os primeiros dados sobre as características físicas e químicas e sobre a diversidade ficológica desses importantes ecossistemas, cuja água é amplamente utilizada para diversos fins na região.