Neisseria gonorrhoeae (ng) é o agente etiológico da gonorreia, infecção sexualmente transmissível que afeta cerca de 78 milhões de pessoas por ano. desde a implementação do tratamento, o gonococo desenvolveu rapidamente diversos mecanismos de resistência às múltiplas classes de antimicrobianos utilizadas para tratar a infecção. atualmente, a ceftriaxona (cro) é o fármaco utilizado no tratamento de primeira linha recomendado pelo organização mundial da saúde, apesar de já existir casos de resistência descritos. considerando a possibilidade da infecção gonocóccica tornar-se intratável, existe a necessidade de compreender mecanismos moleculares e fenotípicos relacionados a resistência antimicrobiana, principalmente à cro. neste estudo, sequenciamos alguns genes (mtrr, pena, pona e porb) de 16 isolados com diferentes mic para cro e realizamos rna-seq para avaliar os mecanismos de resistência. para realizar a análise do transcriptoma, um isolado clínico de ng (mic cro 0.125mg/l) foi cultivado em placas de meio gc (r) e em placas com meio gc acrescido da concentração subinibitória de cro (0.06mg/l) (rc) e um isolado com mic cro 0.0005mg/l foi cultivado em placas de meio gc (s). foi realizado o sequenciamento de rna illumina (novaseq 100bp paired-end) em triplicatas biológicas. a análise dos dados do rna-seq foi realizada no sistema rockhopper. a análise das mutações nos genes sequenciados foi feita na plataforma ngstar. os padrões encontrados para os isolados com mic cro (0,03 – 0,125mg/l) foram os seguintes: mtrr: -35a del, pona: l421p, pena: mosaico, porb: g120k / a121d. os isolados com mic < 0,004mg/l não apresentaram mutações em sua maioria. os padrões de mutação encontrados nos isolados com redução de sensibilidade são idênticos ao de isolados que possuem resistência à cro (mic = 0,250mg/l), demonstrando a falta de diferenciação genotípica em cepas com sensibilidade distinta à cro. ao analisar os dados de rna-seq, foi possível identificar 244 genes diferencialmente expressos entre o isolado s e o isolado r. entre os 20 genes com maior diferença na expressão, 7 estão relacionados a proteínas associadas ao fago, 5 são rnas antissenso e 4 estão relacionados ao sistema de modificação-restrição do tipo iii. na comparação entre o isolado rc e o isolado r, foi possível observar 116 genes diferencialmente expressos, e entre os 20 genes com maior diferença na expressão encontramos 10 rnas antissenso e 3 genes de proteínas hipotéticas. foi possível observar que o sistema de restrição-modificação do tipo iii pode ter relevância no fenótipo de resistência à cro, bem como a transcrição de genes associados ao fago, presentes no transcriptoma dos 3 experimentos, o que carece de validação experimental. além disso, a presença de cro parece induzir uma resposta ao dano do dna em ng, mediada por dinb e reca. ainda, verificamos que os componentes genômicos de resistência não são exclusivamente responsáveis por determinar a resistência à cro.observamos numerosas proteínas hipotéticas e a presença de rnas antissenso nos experimentos sugerindo regulações transcricionais. devido à ausência de informação revisada do genoma de ng, não foi possível realizar o enriquecimento de dados do conjunto de genes diferencialmente expressos, destacando um ponto nevrálgico das análises in silico.