A resistência aos antimicrobianos é um dos maiores problemas para saúde pública, por isso muitos estudos se esforçam na busca por novas alternativas de tratamento para infecções causadas por microrganismos resistentes. fungos endofíticos tem se mostrado como uma abordagem promissora na busca de biomoléculas com potencial antimicrobiano. o objetivo deste estudo foi avaliar a atividade antimicrobiana de 49 fungos endofíticos isolados de diversas espécies de plantas no brasil. inicialmente, uma triagem da atividade foi realizada pelo método de bloco de difusão em ágar e demonstrou que 7 isolados identificados como penicillium sp. (5 isolados), aspergillus sp. (1 isolado) e trichoderma sp. (1 isolado; dr19) exibiram halo de inibição para pelo menos uma das cepas padrão testadas. buscando a identificação de espécies fúngicas com escassez de dados na literatura com relação à produção de antimicrobianos, foram adicionadas mais 3 amostras de fungos endofíticos no estudo: paecilomyces sp. (dr26), alternaria sp. (dr45) e annulohypoxylon stygium (dr47). assim, os 4 isolados fungicos dr19, dr26, dr45 e dr47 foram selecionados entre a coleção. sobrenadantes concentrados de cada cultura líquida fúngica foram testados quanto sua atividade antimicrobiana pelo método de difusão em ágar. o fungo dr47 foi o que apresentou maior potencial de atividade antimicrobiana, apresentando halo de inibição contra duas cepas de staphylococcus aureus, e contra uma cepa de candida albicans em todas as condições testadas. devido ao potencial antimicrobiano apresentado pelo isolado fúngico dr47, um extrato fúngico foi preparado com acetato de etila em um meio de cultivo em estado sólido. em seguida, o extrato foi testado quanto a sua atividade antimicrobiana, apresentando halo inibitório contra três cepas estafilocócicas e a cepa de c. albicans, além de uma cepa clínica de mrsa. desta forma, uma análise do genoma do isolado dr47 (a. stygium dr47) foi realizada e possibilitou a identificação de possíveis clusters biossintéticos associados a atividade antimicrobiana. os resultados obtidos com a análise genômica encontraram porcentagens de similaridade para 15 clusters biossintéticos de moléculas já conhecidas. entre eles, 6 clusters apresentaram 100% de similaridade. entre as moléculas codificadas por estes clusters, foram reportados desde compostos utilizados como corante alimentar, por exemplo, a monascorubrina e também micotoxinas, como a fusarina. a associação de ferramentas genéticas para exploração in silico e de testes antimicrobianos in vrito possibilitou neste estudo demonstrar que o fungo a. stygium, representa uma nova fonte promissora na busca de compostos contra patógenos humanos, visto que, ele é ainda pouco explorado quanto as suas atividades biológicas. sendo assim, a identificação de novas moléculas com potencial antimicrobiano pode contribuir, no futuro, na ampliação das opções de tratamentos contra as infecções microbianas, especialmente causadas por microrganismos resistentes, contribuindo para diminuição das taxas de mortalidade e morbidade relacionadas a estes microrganismos.