O foco principal deste estudo foi conhecer a influência da variabilidade climática interanual sobre a ecologia da comunidade fitoplanctônica de um lago costeiro subtropical destinado ao abastecimento público de água. espera-se que períodos de anomalia negativa da precipitação pluviométrica promovam redução do nível hidrológico capaz de interferir na ressuspensão de sedimentos e na disponibilidade de nutrientes deste ambiente, resultando em mudanças na dominância e na abundância das populações de cianobactérias. coletas mensais foram realizadas entre abril/2012 e maio/2013, com o objetivo de avaliar a dinâmica temporal das variáveis limnológicas e da comunidade fitoplanctônica. dados prévios (julho/2009 a março/2012) foram obtidos de estudos anteriores. foi observada forte relação entre a precipitação e o nível hidrológico do sistema. apesar de apresentar condições predominantes de mistura vertical, a redução do nível hidrológico em resposta a redução da precipitação em 2012 resultou no aumento da estabilidade térmica da coluna d’água. foi observada a dominância monoespecífica da cianobactéria cylindrospermopsis raciborskii nos primeiros três anos do estudo, com redução da biomassa total em períodos mais frios. esse padrão foi modificado e a monodominância dessa espécie foi interrompida durante o período de nível hidrológico reduzido. os resultados sugerem a intensificação da ação do vento e da irradiação solar sobre os processos de ressuspensão de sedimentos e de estratificação diurna neste período, provavelmente em resposta à redução da profundidade média do sistema. tais mudanças promoveram o aumento da disponibilidade de fósforo inorgânico dissolvido, da biomassa total e da dominância da cianobactéria bêntica pseudanabaena catenata. este estudo evidencia a importância da variabilidade interanual da precipitação sobre a ecologia do fitoplâncton da lagoa do peri. além de contribuir para a melhor compreensão sobre o funcionamento limnológico deste ambiente complexo de elevada importância econômica e social, este estudo se justifica diante do atual cenário de mudanças climáticas, onde alterações nos regimes regionais de precipitação são esperadas.