A tuberculose (tb) é uma das doenças infecciosas que mais mortes têm causado no mundo. situações de confinamento são altamente favoráveis à disseminação da tb, aumentando exponencialmente o risco de contágio. no sistema prisional, a tb constitui um importante problema de saúde pública, tendo como principal fator de risco a aglomeração. as taxas de casos notificados de tb em prisões são 5 a 81 vezes maior do que na população geral. o estado de santa catarina dispõe de poucos dados epidemiológicos e moleculares em relação à tb no sistema prisional, dificultando o entendimento da dinâmica da doença na população carcerária. diante disso, o objetivo deste estudo foi avaliar a epidemiologia molecular de estirpes circulantes em unidades do sistema prisional de santa catarina. o estudo avaliou 95 isolados clínicos provenientes de seis unidades prisionais de santa catarina, situadas nas regiões sul, grande florianópolis e vale do itajaí. dos casos incluídos no estudo, 100% dos indivíduos eram do sexo masculino, predominantemente brancos, adultos jovens, com baixa escolaridade. a baciloscopia no diagnóstico apresentou-se positiva em 62,1% dos casos. aproximadamente 64% dos indivíduos realizaram teste para hiv, destes, 32,8% eram soropositivos. em 21,0% dos casos a tb estava associada ao uso de substâncias psicoativas e em 9,9%, ao alcoolismo. nas análises realizadas pelo método de spoligotyping, observou-se que a família lam (46,3%) foi a mais frequente, seguida da família t (20,0%), da s (11,6%), da haarlem (2,1%) e da x (1,1%). a lam5 (15,8%), a lam9 (14,8%), a t1 (12,6%) e a s (11,6%) foram as subfamílias mais frequentes. foram encontrados, também, dois isolados pertencentes a perfis orphan e 16 com perfis desconhecidos. um dos grupos de infecção recente formados neste estudo engloba 89,5% dos isolados e inclui 15 clusters, abrangendo todas as subfamílias da família lam (lam1, lam2, lam3, lam4, lam5, lam6, lam9), as subfamílias t e t1, s, x1 e h3, um isolado com perfil orphan e isolados de perfil desconhecido, o que mostra alta similaridade entre as estirpes que circulam nas unidades prisionais estudadas.