O milho é a cultura mais amplamente distribuída em todo o mundo e possui um papel chave na segurança alimentar. muitas pesquisas estão direcionadas ao milho transgênico, pois é amplamente cultivado e ainda gera dúvidas entre os cientistas. os impactos ambientais das plantas transgênicas têm sido avaliados sobre os organismos não alvo da tecnologia, sobretudo os microrganismos endofíticos, uma vez que estão envolvidos em mecanismos de defesa e adaptação utilizados pelas plantas. assim, nesse estudo buscou-se avaliar o efeito da inserção de transgenes e do fluxo gênico de transgenes sobre a estrutura de comunidades de microrganismos endofíticos uma variedade crioula de milho. para isso, foram estudados três híbridos isogênicos, dos quais um deles era não geneticamente modificado (ngm), o segundo continha a transgenia herculex, evento tc1507 (hx) e o terceiro, a transgenia herculex combinada com roundup ready, evento nk603 (hxrr). a variedade crioula de milho utilizada foi a “rosado” (rs) conservada on farm por agricultores familiares do extremo oeste de santa catarina, brasil. através de polinizações manuais controladas foram inseridos os pólens dos híbridos em plantas de milho crioulo, durante duas gerações, a fim de simular a ocorrência de fluxo gênico reincidente, e assim gerar as populações de milho crioulo contendo 25, 50 e 75% da composição genética de cada híbrido, separadamente. inicialmente avaliou-se bactérias e fungos endofíticos das folhas de plantas de milho, comparando apenas os quatro genótipos iniciais (rs, ngm, hx e hxrr), em quatro estádios do desenvolvimento das plantas, dois vegetativos (v3 e v4) e dois reprodutivos (r1 e r2). para isso, em um ensaio a campo foram coletadas as folhas de três plantas de cada genótipo, em cada estádio, totalizando 48 amostras. dessas amostras foram extraídos dnas e feitas pcrs para amplificação do rdna 16s de bactérias e da ssu rdna de fungos, os quais foram avaliados por dgge. após as análises de cluster e anosim, concluiu-se que as bactérias endofíticas variam apenas de acordo com o estádio fenológico, enquanto que os fungos endofíticos sofreram alterações devido ao genótipo das plantas. com relação a estrutura da comunidade de fungos, rs diferiu dos demais genótipos avaliados, nos quatro estádios. nos estádios vegetativos (v3 e v4), os fungos foram diferentes entre os híbridos com e sem transgenia. no estádio reprodutivo (r1) ainda foi possível diferenciar a comunidade de fungos entre os dois transgenes, porém o ngm foi semelhante ao hx. após isso, implantou-se o experimento a campo, com três repetições em blocos casualizados, a fim de comparar os quatro genótipos (rs, ngm, hx e hxrr) e mais nove populações de milho crioulo geradas, contendo 25, 50 ou 75% do genoma de cada híbrido. coletou-se 10 plantas de cada tratamento, no estádio reprodutivo (r1) previamente selecionado, totalizando 390 amostras, das quais foi extraído dna e amplificada a região ssu rdna de fungos endofíticos para análise por dgge. após análises de cluster e anosim, concluiu-se que os fungos endofíticos da variedade rs diferiram dos demais tratamentos, assim como observado no ensaio anterior. as populações com introgressão do transgene hxrr foram as que mais sofreram alterações. os efeitos não intencionais dos transgenes nas plantas ainda são desconhecidos, por outro lado o presente trabalho permite inferir que os transgenes afetam a diversidade estrutural de fungos endofíticos do milho e que os efeitos diretos sobre as plantas ainda devem ser estudados.