Em consequência principalmente da atividade antropogênica, há um aumento significativo da concentração de poluentes nos ecossistemas aquáticos, originários majoritariamente de resíduos industriais, agrícolas e domésticos. esses resíduos são formados por diversos compostos químicos potencialmente tóxicos - i.e. contaminantes emergentes. uma vez no meio ambiente aquático, esses contaminantes são capazes de interagir com os sistemas biológicos de diferentes espécies, através por exemplo, de proteínas ativadoras de transcrição, como as da classe dos receptores nucleares (rn), causando desequilíbrio na homeostase desses indivíduos. os rn compõem uma classe proteica com estruturas e sequências com elevado grau de conservação, características que os tornam importantes para estudos de cunho evolutivo-comparativo no monitoramento ambiental de um grupo heterogêneo de espécies. nesse sentido, a identificação de rn que sejam conservados entre diferentes espécies é de grande interesse para biomonitoramento, uma vez que as respostas moleculares frente a contaminantes ambientais podem exibir similaridades, revelando possíveis genes ortólogos como candidatos a biomarcadores. dessa forma, com objetivo identificar conjuntos de genes ortólogos de rn com potencial para atuar como biomarcadores, foram avaliados dois grupos de espécies. o primeiro incluiu 11 espécies aquáticas (três espécies de cetáceos, três de moluscos, duas de peixes, um de crustáceo, um de equinoide e um de braquiopode), sendo analisados a partir dos conjuntos proteicos completos obtidos no banco de dados ensembl (capítulo i). o segundo foi formado por quatro espécies da costa brasileira (dois cetáceos e duas aves), sendo estudado a partir de transcriptomas inéditos montados e analisados qualitativamente nesse trabalho (capítulo ii). ambos os grupos de espécies foram submetidos a análise de ortologia pelo orthofinder, seguida da anotação das proteínas, após triagem dos resultados, os genes da família dos rn foram identificados e classificados. para um total de 10 espécies distribuídas entre os dois grupos, através desse trabalho, foi elaborada uma classificação preliminar de seus receptores, dados até então indisponíveis na literatura. em relação a análise de ortologia, para o primeiro grupo foram identificados 34 ortogrupos de rn, desses, nove foram compartilhados por todas as espécies. para o segundo foram formados 50 ortogrupos, desses, 16 compartilhados entre as quatro espécies estudadas. para o primeiro grupo de espécies, foram selecionados três ortogrupos para uma análise filogenética, e posteriormente o ortogrupo formado para receptor de estrógeno (er) foi selecionado para análise estrutural e atracamento molecular com o contaminante emergente 17-¿-etinilestradiol (ee2), devido a sua relevância para o biomonitoramento. os resultados indicaram que para sete espécies, das 11 iniciais analisadas, o er exibiu um potencial de interação com o ee2, de acordo com as métricas de qualidade aplicadas. levando em consideração as relações evolutivas entre os receptores, para o segundo grupo de espécies, a ortologia estabelecida para os rn compõe um banco de dados de suma importância para o biomonitoramento, de forma que é possível prospectar potenciais biomarcadores para aves e mamíferos marinhos. a partir dos resultados obtidos, foi possível confirmar que a seleção de alvos para o desenvolvimento de biomarcadores moleculares através da ortologia é uma metodologia promissora.